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只是因为

铜虫 (初入文坛)

[求助] PCR测序结果分析

求教PCR测序图的分析,上周PCR测序结果已经反馈回来了,我是刚接触这方面的实验,请教各位测序图都需要怎么分析?如何判断杂合或纯合的问题?
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最黑暗的日子往往预示着黎明
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖


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小丹木木: 金币+1, 鼓励交流问题 2012-10-16 13:42:05
你的片段长度是多少,做了几个引物的反应,需不需要序列拼接?你需要把测序结果和原序列比较。峰图用彩图显示碱基顺序和质量。不清楚你说的纯合杂合问题。
2楼2012-10-15 14:02:01
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xw19880905

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
用DNAMAN序列比对呀,就知道你的序列和比对的序列的差异了
3楼2012-10-15 15:24:11
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只是因为

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by cicelyzh at 2012-10-15 14:02:01
你的片段长度是多少,做了几个引物的反应,需不需要序列拼接?你需要把测序结果和原序列比较。峰图用彩图显示碱基顺序和质量。不清楚你说的纯合杂合问题。

片段是427bp,只用正向引物测了,我要分析的是TATA重复序列的重复次数,6次为野生,7次为突变,可是怎么判断哪种是6/7杂合呢?从测序图上能看出来吗?
最黑暗的日子往往预示着黎明
4楼2012-10-15 17:23:07
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只是因为

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by xw19880905 at 2012-10-15 15:24:11
用DNAMAN序列比对呀,就知道你的序列和比对的序列的差异了

DNAMAN能分析是纯合或杂合吗?
最黑暗的日子往往预示着黎明
5楼2012-10-15 17:24:12
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只是因为

铜虫 (初入文坛)

第一个图为TA重复6次,第二个为7次,如何判断杂合/纯合的问题呢?

20121015172547.jpg



20121015172840.jpg

最黑暗的日子往往预示着黎明
6楼2012-10-15 17:29:25
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iriskye

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

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看重叠的峰就是咯,下面那张图看起来就是杂合嘛,最后一个T那里同时还有一个A的峰。当然你需要确定这个A不是杂峰。最好两方向都测一下双保险。
7楼2012-10-16 02:35:39
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只是因为

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
7楼: Originally posted by iriskye at 2012-10-16 02:35:39
看重叠的峰就是咯,下面那张图看起来就是杂合嘛,最后一个T那里同时还有一个A的峰。当然你需要确定这个A不是杂峰。最好两方向都测一下双保险。

怎么判断是否是杂峰呢?我有70多个样品,如果全部双向测的话,费用有点多,所以现在想能否直接从这个图中判断呢?
最黑暗的日子往往预示着黎明
8楼2012-10-16 15:03:10
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iriskye

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

如果整体峰都比较干净,是杂峰的可能性就比较小,但是也不排除测序机器突然抽风或者有的地方序列变态不好测,所以才要双向测嘛, 两边测过来都有,杂峰的可能性就更小了。

而且,如果是杂合,那么最后一个TA之后应该就都是重叠的双峰了啊,因为移码了啊。
9楼2012-10-16 22:47:02
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