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[交流] 【求助/交流】求助测序结果分析已有2人参与

从基因组中巢氏PCR得到一个基因，连接到载体上，在不同平板上挑了两个转化子测序。发现和我预期的序列只有85%左右的同源性，而两个转化子之间的同源性约是99%。
当时PCR基因的时候就很困难，杂带很多，主带不是目的带。
现在我自己分析，觉得可能因为我的菌种不对。因为如果是PCR或酶切连接中带进去的突变，不可能两个转化子同源性那么高。
还可能有其他原因吗？
谢谢！

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1楼 2010-12-15 11:47:08

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scelab

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小木虫之有关部门负责人

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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
1949stone(金币+3):鼓励 2010-12-15 12:06:45

你扩的菌是基因组已测完的么？
如果是自己分的野生菌，扩出来70~100%同源都有可能，翻译成aa再比对试试。
或者再依据现在测的序列再设计引物扩一下原始菌株，再测序，基本上测出来是什么就是什么了。

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小木虫之有关部门负责人

2楼2010-12-15 11:59:23

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引用回帖:

Originally posted by scelab at 2010-12-15 11:59:23:
你扩的菌是基因组已测完的么？
如果是自己分的野生菌，扩出来70~100%同源都有可能，翻译成aa再比对试试。
或者再依据现在测的序列再设计引物扩一下原始菌株，再测序，基本上测出来是什么就是什么了。

谢谢指点！
我的菌是是测过序的菌，不过是老板要来的，不知道来源有没有问题。

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3楼2010-12-15 12:06:34

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