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xiaoru2010

[交流] 【求助/交流】测序结果分析问题 已有8人参与

测出来的序列里没有我的引物,是不是肯定没连接上?
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xiaoguang711

木虫 (正式写手)

★ ★
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1949stone(金币+1): 2010-04-19 11:13
反向互补一下再找找
要么就是扩到其它基因上
或者是测序的克隆是假阳性的
2楼2010-04-19 10:53:56
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邓远洪dyh

新虫 (小有名气)

★ ★
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1949stone(金币+1): 2010-04-19 11:13
如果是自己做的测序,很有可能是测序的体系有问题,PCR产物处理不好
在外面测得话有可能是你自己的菌是假阳性
3楼2010-04-19 11:08:31
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风中摇曳

木虫 (正式写手)

热爱科学

克隆后应该需要鉴定再测序。
scienceisnature
4楼2010-04-19 11:10:52
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yujiaping1

木虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
scelab(金币+3):谢谢交流! 2010-04-22 11:19
首先判断测序信号是否异常,比如出现连续重复序列、峰过低、重叠峰等,都属异常
然后做Blast比对,比对结果如果是整段序列都是载体序列,那说明测的是假阳性
如果以上两点都排除了,还是找不到引物序列,那么说明连接的片段不是目的片段,此处要注意,找引物,不是直接查找,而是需要比对,因为有可能会有一些碱基没有正常配对
5楼2010-04-19 11:49:02
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gene001

金虫 (正式写手)

就是个普通教师


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
要知道你的引物本身就很多种序列!也许你没把所有兼并可能性都检查????
大家共同交流、共同提高!!!
6楼2010-04-19 16:38:34
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xiaoru2010

我做了BLAST,是空载,谢谢!
7楼2010-04-22 08:54:46
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gaiyf

金虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
我们实验室的测序结果也有同样的现象,我们一般都是让测序公司再测一遍。一般不会是样品的问题,应当是测序的问题。
多看文献,多学知识
8楼2010-04-22 16:41:55
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9楼2010-04-22 19:25:34
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yujiaping1

木虫 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by xiaoru2010 at 2010-04-22 08:54:46:
我做了BLAST,是空载,谢谢!

空载就是肯定没连上,你检测是阳性之后再测序啊,用酶切检测相对可靠,PCR也凑合,但是不检测就送去,这不是白浪费钱嘛
10楼2010-04-22 22:21:16
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