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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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liming_gz

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】刚测序回来的序列,请帮忙分析一下! 已有5人参与

本人门外汉,通过测序获得片段如下:
TCTTCCAAGGCTGCGATCCCTCCACTGGCTTCCGGTAGCTGCACGCATCAGATTCAAAACACTGATGCTGGCCTACAAAGCCAAAAATGGACCAGCTCCCTCTTACCTCAAAGCCCTCATCACTCCTCGCACTGCACCCCGCACCCTCCGATCTACCAGCACTGCTCGACTGGTTCCACCATCTCTCAGGGTAAGAGGCAAGTATACTACAAGACTCTTCTCTGTACTGGCACCAAGGTGGTGGAACGAACTTCCCCTAGAGGTCCGGACAGCTGAGTCACTGGCTATTTTCAAGCGGCGGTTGAAGACCTACTTATTCAGGAAACACTTCAACTAGCACTTCTTTCATTATCTTTTGCATTTAAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACACACCTTTGACACTTTCATTGTAACTTTGAACAAATGTTTTAAACTCATGGTATCTTAAGTATGTAACTTAGTGATCCAGCATTAATGTATTCAATGTTAGAGATTTAAGCACTTATGTACGTCGCTCTGGATAAGGGCGTCTGCCAAATGCTGTAAATGTAAATGTAAATGTAAATGTACTACTGTAAGTCAGGCTAAAAGTAAATAGC
ACCATATTGAATTCGGAGCGGCGTTCAACC

设计的目的是获得TNF片段,比对后什么也没有获得,请高手帮忙分析一下,这段片段还有什么意义没有

背景是这样的:我想获得一条鱼的TNF片段,因为没有报道过,就拿别的鱼的TNF片段进行兼并引物设计,在目的片段长度获得清晰的条带,于是拿去测序。但在设计引物的时候我有一点不太明白,兼并引物设计每次比对的时候用几条序列,在选择序列的时候,是应该都选择近源物种还是在加一条远一点的进行比对!

很多东西都不懂,恳请帮助!
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天使托

专家顾问 (职业作家)

T.Shen

NCBI blast 一下!
Whenever,Wherever,Anyway!MustRemember:Fight!KeepFighting!NeverGiveUp!
2楼2010-12-12 11:22:39
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~!

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
dhd997(金币+1):鼓励交流 2010-12-12 18:05:50
Ictalurus furcatus?
gb|HP433966.1|  TSA: Ictalurus furcatus Contig04565.Icfu mRNA sequence
3楼2010-12-12 16:24:04
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liming_gz

银虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by xp198766 at 2010-12-12 16:24:04:
Ictalurus furcatus?
gb|HP433966.1|  TSA: Ictalurus furcatus Contig04565.Icfu mRNA sequence

我也进行了好几次比对,但现在又一点不太明白的是,序列出现了好多A,我现在不敢肯定是测序的问题,还是序列本身就有这个问题!
4楼2010-12-13 19:29:56
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~!


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
多测几次,还有就是一次测序只能得到有效片断长度为700bp,你可能是双向,或测通
5楼2010-12-13 21:56:35
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笨笨姐

木虫 (正式写手)

用NCBI   blast一下,对比一下
或者多测几次,去掉其中的无用端
有所作为
6楼2010-12-14 10:08:49
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liming_gz

银虫 (小有名气)

非常感谢大家的帮助!
7楼2010-12-14 10:32:22
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yixuanwin

铁杆木虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
测序结果预处理。去掉峰值低的部分和杂峰。
8楼2010-12-14 10:42:27
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