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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】刚测序回来的序列，请帮忙分析一下！
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liming_gz

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】刚测序回来的序列，请帮忙分析一下！ 已有5人参与

本人门外汉，通过测序获得片段如下：
TCTTCCAAGGCTGCGATCCCTCCACTGGCTTCCGGTAGCTGCACGCATCAGATTCAAAACACTGATGCTGGCCTACAAAGCCAAAAATGGACCAGCTCCCTCTTACCTCAAAGCCCTCATCACTCCTCGCACTGCACCCCGCACCCTCCGATCTACCAGCACTGCTCGACTGGTTCCACCATCTCTCAGGGTAAGAGGCAAGTATACTACAAGACTCTTCTCTGTACTGGCACCAAGGTGGTGGAACGAACTTCCCCTAGAGGTCCGGACAGCTGAGTCACTGGCTATTTTCAAGCGGCGGTTGAAGACCTACTTATTCAGGAAACACTTCAACTAGCACTTCTTTCATTATCTTTTGCATTTAAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACACACCTTTGACACTTTCATTGTAACTTTGAACAAATGTTTTAAACTCATGGTATCTTAAGTATGTAACTTAGTGATCCAGCATTAATGTATTCAATGTTAGAGATTTAAGCACTTATGTACGTCGCTCTGGATAAGGGCGTCTGCCAAATGCTGTAAATGTAAATGTAAATGTAAATGTACTACTGTAAGTCAGGCTAAAAGTAAATAGC
ACCATATTGAATTCGGAGCGGCGTTCAACC

设计的目的是获得TNF片段，比对后什么也没有获得，请高手帮忙分析一下，这段片段还有什么意义没有

背景是这样的：我想获得一条鱼的TNF片段，因为没有报道过，就拿别的鱼的TNF片段进行兼并引物设计，在目的片段长度获得清晰的条带，于是拿去测序。但在设计引物的时候我有一点不太明白，兼并引物设计每次比对的时候用几条序列，在选择序列的时候，是应该都选择近源物种还是在加一条远一点的进行比对！

很多东西都不懂，恳请帮助！
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1楼 2010-12-12 10:49:15
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天使托

专家顾问 (职业作家)

T.Shen
NCBI blast 一下！
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Whenever,Wherever,Anyway!MustRemember:Fight!KeepFighting!NeverGiveUp!
2楼2010-12-12 11:22:39
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~！
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
dhd997(金币+1):鼓励交流 2010-12-12 18:05:50
Ictalurus furcatus?
gb|HP433966.1|  TSA: Ictalurus furcatus Contig04565.Icfu mRNA sequence
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3楼2010-12-12 16:24:04
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liming_gz

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by xp198766 at 2010-12-12 16:24:04:
Ictalurus furcatus?
gb|HP433966.1|  TSA: Ictalurus furcatus Contig04565.Icfu mRNA sequence

我也进行了好几次比对，但现在又一点不太明白的是，序列出现了好多A，我现在不敢肯定是测序的问题，还是序列本身就有这个问题！
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4楼2010-12-13 19:29:56
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~！
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
多测几次，还有就是一次测序只能得到有效片断长度为700bp，你可能是双向，或测通
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5楼2010-12-13 21:56:35
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笨笨姐

木虫 (正式写手)
用NCBI   blast一下，对比一下
或者多测几次，去掉其中的无用端
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有所作为
6楼2010-12-14 10:08:49
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liming_gz

银虫 (小有名气)
非常感谢大家的帮助！
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7楼2010-12-14 10:32:22
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yixuanwin

铁杆木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
测序结果预处理。去掉峰值低的部分和杂峰。
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8楼2010-12-14 10:42:27
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