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kimiosn

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】怎样在一段序列中查找可能的测序引物? 已有3人参与

质粒是前人传下来的,不知道背景,我根据里面连的外源片段设计了引物,测了一下外源片段的5’上游序列,有400bp左右,但是我想知道这里面有什么可以用的通用测序引物,有什么方法可以查一下?

谢谢帮助

PS:其实可以根据测出来的自己设计一段测序引物,但引物合成也需要时间,我想找个通用的测序引物可以快一点儿
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ben1147

木虫 (正式写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
amisking(金币+1):欢迎发帖交流! 2010-07-01 21:14:37
blast一下不就知道是什么载体了么

NCBI上也有能去掉载体序列的程序
2楼2010-07-01 19:32:27
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kimiosn

银虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by ben1147 at 2010-07-01 19:32:27:
blast一下不就知道是什么载体了么

NCBI上也有能去掉载体序列的程序

谢谢,具体在哪儿呢?本人小白
3楼2010-07-01 19:37:03
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ben1147

木虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
amisking:good! 2010-07-01 21:14:47
看天(金币+3):good! 2010-07-02 08:18:51
引用回帖:
Originally posted by kimiosn at 2010-07-01 19:37:03:


谢谢,具体在哪儿呢?本人小白

很多综合性的序列分析软件可以做到,比如DNAStar里面带的Seqman

NCBI的程序叫做VecScreen

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/VecScreen/VecScreen.html
4楼2010-07-01 20:52:26
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段家一凡

木虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by kimiosn at 2010-07-01 19:37:03:


谢谢,具体在哪儿呢?本人小白

BLASTN即可知道你的是什么载体,测序时你就直接说用某某载体的通用引物就可以了。
5楼2010-07-02 01:10:42
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