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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】怎样在一段序列中查找可能的测序引物？
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kimiosn

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】怎样在一段序列中查找可能的测序引物？ 已有3人参与

质粒是前人传下来的，不知道背景，我根据里面连的外源片段设计了引物，测了一下外源片段的5’上游序列，有400bp左右，但是我想知道这里面有什么可以用的通用测序引物，有什么方法可以查一下？

谢谢帮助

PS：其实可以根据测出来的自己设计一段测序引物，但引物合成也需要时间，我想找个通用的测序引物可以快一点儿
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1楼 2010-07-01 19:28:19
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段家一凡

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by kimiosn at 2010-07-01 19:37:03:


谢谢，具体在哪儿呢？本人小白

BLASTN即可知道你的是什么载体，测序时你就直接说用某某载体的通用引物就可以了。
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5楼2010-07-02 01:10:42
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ben1147

木虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
amisking(金币+1):欢迎发帖交流！ 2010-07-01 21:14:37
blast一下不就知道是什么载体了么

NCBI上也有能去掉载体序列的程序
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2楼2010-07-01 19:32:27
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kimiosn

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by ben1147 at 2010-07-01 19:32:27:
blast一下不就知道是什么载体了么

NCBI上也有能去掉载体序列的程序

谢谢，具体在哪儿呢？本人小白
赞一下 回复此楼
3楼2010-07-01 19:37:03
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ben1147

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
amisking:good！ 2010-07-01 21:14:47
看天(金币+3):good! 2010-07-02 08:18:51
引用回帖:
Originally posted by kimiosn at 2010-07-01 19:37:03:


谢谢，具体在哪儿呢？本人小白

很多综合性的序列分析软件可以做到，比如DNAStar里面带的Seqman

NCBI的程序叫做VecScreen

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/VecScreen/VecScreen.html
赞一下(3人) 回复此楼
4楼2010-07-01 20:52:26
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