24小时热门版块排行榜    

查看: 3825  |  回复: 22

btx362237729

金虫 (正式写手)


[交流] 构建载体测序,老在引物区段发生相同的错误,模版有突变?

让师弟做一个构建,引物是我设计的,并且这个反向引物以前用来做过两个构建,测序完全正确的(这点非常重要)!!!
PS:这个引物被我拿来通用做了几个构建,因为选择的质粒载体和酶切位点都没变,只是正向引物修改了。

目前的问题是,师弟拿这个反向引物做构建,测序发现老是在反向引物那一段,每次测序相同的位点反生了两个突变!!!

引物区段上怎么可能突变啊!!!不可能是引物错了,因为之前用这个反向引物测序都是正确的!!!

然后师弟再做了一次,三个单菌落,测序结果一样,还是反向引物那里错了!

我都凌乱了!!!我只能说是模版突变了!(模版是实验室传了一年半多的菌,提的质粒)!!难道真的突变了两个位点?
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)


★ ★
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-11-02 13:58:30
引用回帖:
9楼: Originally posted by btx362237729 at 2012-11-02 12:05:24
但是引物不是新合成的。。。以前也是用的这个反向引物,现在用的是以前剩下的...

定引物的时候如果不要求过柱纯化的话公司只是做脱盐处理。有可能是合成的引物不是全长甚至错误的可能。因为HPLC或者RPC纯化的引物比较贵,做一般PCR大家都不选这个服务。可能你的引物不纯,有错误。据我的经验,从公司定的引物是有可能有错误碱基的。
10楼2012-11-02 12:43:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)



btx362237729(金币+1): 谢谢参与
即使模板突变了,P出来的东西应该是和引物序列一致的。因为模板的浓度很低,合成出来的DNA大量扩增都应该是引物序列。我怀疑你的引物错了,需要把引物测序鉴定一下。
3楼2012-11-02 07:12:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

竹子小小

木虫 (小有名气)



btx362237729(金币+1): 谢谢参与
看看测序图的峰是不是重叠的。可能是测序问题。
4楼2012-11-02 08:39:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yasmineross

铁虫 (小有名气)


★ ★ ★
btx362237729(金币+1): 谢谢参与
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-11-02 13:58:18
如果测序结果没有问题的话,就是引物的质量问题了。

LZ一直说引物以前用过,是以前用过这个引物序列,还是一直用的同一支引物?

如果是根据老序列新合成的引物,那就是引物序列上有突变吧。
5楼2012-11-02 09:13:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

virus2009

金虫 (正式写手)



btx362237729(金币+1): 谢谢参与
你的反向是重新合成的还是你之前留下的?如果是重新合成的那可以考虑一下是不是合成错了引物,这个你可以让合成公司再帮你合成一对,确保引物无误后再分析。
6楼2012-11-02 10:26:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

btx362237729

金虫 (正式写手)


引用回帖:
6楼: Originally posted by virus2009 at 2012-11-02 10:26:05
你的反向是重新合成的还是你之前留下的?如果是重新合成的那可以考虑一下是不是合成错了引物,这个你可以让合成公司再帮你合成一对,确保引物无误后再分析。

反向引物不是重新合成的,以前我自己合成的,分装了很多冻在-20。。。。所以觉得很奇怪
7楼2012-11-02 12:02:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

btx362237729

金虫 (正式写手)


引用回帖:
5楼: Originally posted by yasmineross at 2012-11-02 09:13:39
如果测序结果没有问题的话,就是引物的质量问题了。

LZ一直说引物以前用过,是以前用过这个引物序列,还是一直用的同一支引物?

如果是根据老序列新合成的引物,那就是引物序列上有突变吧。

引物不是新合成的,就是以前没用完的反向引物,100uM分装保存在-20℃的。。。。。。。难道冻存也会引入突变?
8楼2012-11-02 12:04:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

btx362237729

金虫 (正式写手)


引用回帖:
3楼: Originally posted by cicelyzh at 2012-11-02 07:12:35
即使模板突变了,P出来的东西应该是和引物序列一致的。因为模板的浓度很低,合成出来的DNA大量扩增都应该是引物序列。我怀疑你的引物错了,需要把引物测序鉴定一下。

但是引物不是新合成的。。。以前也是用的这个反向引物,现在用的是以前剩下的
9楼2012-11-02 12:05:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

btx362237729

金虫 (正式写手)


引用回帖:
10楼: Originally posted by cicelyzh at 2012-11-02 12:43:24
定引物的时候如果不要求过柱纯化的话公司只是做脱盐处理。有可能是合成的引物不是全长甚至错误的可能。因为HPLC或者RPC纯化的引物比较贵,做一般PCR大家都不选这个服务。可能你的引物不纯,有错误。据我的经验,从 ...

但是这个引物以前真的用过。。。都用来做了两个构建了 完全是正确的、、而且也不是新合成的,是以前冻存的
11楼2012-11-02 13:13:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

btx362237729

金虫 (正式写手)


这个问题是不是无解了?
12楼2012-11-02 16:28:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

polepolar

银虫 (初入文坛)



btx362237729(金币+1): 谢谢参与
如果出现的突变距离你的引物3`端小于10个碱基,基本可以肯定是模板上的;如果多于10个碱基,则应该是引物的问题.
13楼2012-11-02 23:24:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

as023

银虫 (小有名气)



btx362237729(金币+1): 谢谢参与
我觉得是引物有问题
14楼2012-11-03 00:03:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)


引用回帖:
11楼: Originally posted by btx362237729 at 2012-11-02 13:13:48
但是这个引物以前真的用过。。。都用来做了两个构建了 完全是正确的、、而且也不是新合成的,是以前冻存的...

很的意思说是引物不纯。公司合成出来的引物可能有不同的分子。重新定一个引物又不贵。
15楼2012-11-03 07:21:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangqi20092

新虫 (小有名气)



btx362237729(金币+1): 谢谢参与
你是怎么测序的?连到T载体吗?连到T载体的话,测序引物区应该可以测出来。如果是PCR产物直接测序,那引物区的测序结果不予考虑的。
16楼2012-11-03 10:27:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

btx362237729

金虫 (正式写手)


引用回帖:
13楼: Originally posted by polepolar at 2012-11-02 23:24:10
如果出现的突变距离你的引物3`端小于10个碱基,基本可以肯定是模板上的;如果多于10个碱基,则应该是引物的问题.

没有距离我的引物3‘端小于10个碱基或者多于10个碱基。。。因为突变位点就在引物内部的。。。还没超出引物的范围
17楼2012-11-03 22:35:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

btx362237729

金虫 (正式写手)


引用回帖:
16楼: Originally posted by wangqi20092 at 2012-11-03 10:27:07
你是怎么测序的?连到T载体吗?连到T载体的话,测序引物区应该可以测出来。如果是PCR产物直接测序,那引物区的测序结果不予考虑的。

目的基因连接到pcDNA3.1(+)里面去测序的。。。。。。。。引物区段错了
18楼2012-11-03 22:36:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

btx362237729

金虫 (正式写手)


引用回帖:
15楼: Originally posted by cicelyzh at 2012-11-03 07:21:07
很的意思说是引物不纯。公司合成出来的引物可能有不同的分子。重新定一个引物又不贵。...

引物不纯的话  同样的反向引物前两次构建的东西都没错 运气也太好了点。。。。
19楼2012-11-03 22:37:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)


引用回帖:
19楼: Originally posted by btx362237729 at 2012-11-03 22:37:53
引物不纯的话  同样的反向引物前两次构建的东西都没错 运气也太好了点。。。。...

也可能是这次运气不好呢。做克隆有时候不能用概率来计算的,正确就是正确,错了也没办法。我建议你再定一次引物重新做。
20楼2012-11-04 03:37:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

btx362237729

金虫 (正式写手)


引用回帖:
20楼: Originally posted by cicelyzh at 2012-11-04 03:37:32
也可能是这次运气不好呢。做克隆有时候不能用概率来计算的,正确就是正确,错了也没办法。我建议你再定一次引物重新做。...

哎 没办法啊 只好重新合成引物了 太纠结了
21楼2012-11-04 13:57:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

张浩1988

新虫 (初入文坛)


建议先表达,诱导一下很快的。
22楼2012-12-25 20:25:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

btx362237729

金虫 (正式写手)


引用回帖:
22楼: Originally posted by 张浩1988 at 2012-12-25 20:25:53
建议先表达,诱导一下很快的。

呵呵 得出结论了 是模版载体错了。。。。
23楼2012-12-26 15:03:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
张咖喱2楼
2012-11-02 01:14   回复  
btx362237729(金币+1): 谢谢参与
相关版块跳转 我要订阅楼主 btx362237729 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考博] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 0XLacIJUOj8D 2026-08-24 3/150 2026-08-25 01:47 by BZKMTicpDhFj
[基金申请] 明天应该可查了!? +5 chengyan1220 2026-08-23 5/250 2026-08-24 23:28 by 我4大白菜
[基金申请] 没有任何消息-是不是就凉了 +7 图啦图啦 2026-08-24 8/400 2026-08-24 22:00 by maomao_da
[论文投稿] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 0XLacIJUOj8D 2026-08-24 3/150 2026-08-24 21:59 by BZKMTicpDhFj
[基金申请] 人气不行了 +10 fansofjerry 2026-08-21 10/500 2026-08-24 21:03 by zhanghaozhu
[基金申请] 我面上完蛋了 +9 且听虎啸 2026-08-20 10/500 2026-08-24 20:08 by 苦寒来香
[基金申请] filecode,4个jtjc了 +14 ziyangfang 2026-08-19 17/850 2026-08-24 18:37 by 哈哈蛤?
[基金申请] 2026国自然函评费到账 +17 羊腰板 2026-08-21 19/950 2026-08-24 16:52 by iaeyuan
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +13 kulium 2026-08-21 16/800 2026-08-24 16:27 by superceng
[基金申请] 让我中一个面上吧! +13 大萍1987 2026-08-20 16/800 2026-08-24 10:23 by 太傻了
[基金申请] 什么时候开奖? +10 CrisMessi 2026-08-18 11/550 2026-08-24 06:50 by 开心的小狮子
[基金申请] 今天放榜吗? +15 布布和一二 2026-08-19 16/800 2026-08-23 09:55 by 张春生
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +24 yaoyewhu2008 2026-08-20 26/1300 2026-08-22 17:43 by kammury
[基金申请] 看来今天不会放榜了? +8 chengyan1220 2026-08-21 11/550 2026-08-21 17:52 by dcqxinyang
[基金申请] 时间戳又变了 +13 wuchongjun 2026-08-20 19/950 2026-08-21 17:21 by 紫杉醇
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧? +4 哈哈蛤? 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9 yuleib84 2026-08-19 11/550 2026-08-21 10:06 by gltch
[基金申请] 基金啊基金 +4 longfie172 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:58 by mark mao
[基金申请] 重要消息,中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
[基金申请] 明天放榜? +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
信息提示
请填处理意见