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构建载体测序,老在引物区段发生相同的错误,模版有突变?
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btx362237729
金虫
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构建载体测序,老在引物区段发生相同的错误,模版有突变?
让师弟做一个构建,引物是我设计的,并且这个反向引物以前用来做过两个构建,测序完全正确的(这点非常重要)!!!
PS:这个引物被我拿来通用做了几个构建,因为选择的质粒载体和酶切位点都没变,只是正向引物修改了。
目前的问题是,师弟拿这个反向引物做构建,测序发现老是在反向引物那一段,每次测序相同的位点反生了两个突变!!!
引物区段上怎么可能突变啊!!!不可能是引物错了,因为之前用这个反向引物测序都是正确的!!!
然后师弟再做了一次,三个单菌落,测序结果一样,还是反向引物那里错了!
我都凌乱了!!!我只能说是模版突变了!(模版是实验室传了一年半多的菌,提的质粒)!!难道真的突变了两个位点?
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1楼
2012-11-02 00:23:53
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6楼
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Originally posted by
virus2009
at 2012-11-02 10:26:05
你的反向是重新合成的还是你之前留下的?如果是重新合成的那可以考虑一下是不是合成错了引物,这个你可以让合成公司再帮你合成一对,确保引物无误后再分析。
反向引物不是重新合成的,以前我自己合成的,分装了很多冻在-20。。。。所以觉得很奇怪
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7楼
2012-11-02 12:02:39
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5楼
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Originally posted by
yasmineross
at 2012-11-02 09:13:39
如果测序结果没有问题的话,就是引物的质量问题了。
LZ一直说引物以前用过,是以前用过这个引物序列,还是一直用的同一支引物?
如果是根据老序列新合成的引物,那就是引物序列上有突变吧。
引物不是新合成的,就是以前没用完的反向引物,100uM分装保存在-20℃的。。。。。。。难道冻存也会引入突变?
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8楼
2012-11-02 12:04:13
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3楼
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cicelyzh
at 2012-11-02 07:12:35
即使模板突变了,P出来的东西应该是和引物序列一致的。因为模板的浓度很低,合成出来的DNA大量扩增都应该是引物序列。我怀疑你的引物错了,需要把引物测序鉴定一下。
但是引物不是新合成的。。。以前也是用的这个反向引物,现在用的是以前剩下的
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9楼
2012-11-02 12:05:24
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10楼
:
Originally posted by
cicelyzh
at 2012-11-02 12:43:24
定引物的时候如果不要求过柱纯化的话公司只是做脱盐处理。有可能是合成的引物不是全长甚至错误的可能。因为HPLC或者RPC纯化的引物比较贵,做一般PCR大家都不选这个服务。可能你的引物不纯,有错误。据我的经验,从 ...
但是这个引物以前真的用过。。。都用来做了两个构建了 完全是正确的、、而且也不是新合成的,是以前冻存的
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11楼
2012-11-02 13:13:48
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这个问题是不是无解了?
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12楼
2012-11-02 16:28:28
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13楼
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Originally posted by
polepolar
at 2012-11-02 23:24:10
如果出现的突变距离你的引物3`端小于10个碱基,基本可以肯定是模板上的;如果多于10个碱基,则应该是引物的问题.
没有距离我的引物3‘端小于10个碱基或者多于10个碱基。。。因为突变位点就在引物内部的。。。还没超出引物的范围
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17楼
2012-11-03 22:35:51
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16楼
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wangqi20092
at 2012-11-03 10:27:07
你是怎么测序的?连到T载体吗?连到T载体的话,测序引物区应该可以测出来。如果是PCR产物直接测序,那引物区的测序结果不予考虑的。
目的基因连接到pcDNA3.1(+)里面去测序的。。。。。。。。引物区段错了
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18楼
2012-11-03 22:36:57
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15楼
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Originally posted by
cicelyzh
at 2012-11-03 07:21:07
很的意思说是引物不纯。公司合成出来的引物可能有不同的分子。重新定一个引物又不贵。...
引物不纯的话 同样的反向引物前两次构建的东西都没错 运气也太好了点。。。。
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19楼
2012-11-03 22:37:53
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20楼
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Originally posted by
cicelyzh
at 2012-11-04 03:37:32
也可能是这次运气不好呢。做克隆有时候不能用概率来计算的,正确就是正确,错了也没办法。我建议你再定一次引物重新做。...
哎 没办法啊 只好重新合成引物了 太纠结了
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21楼
2012-11-04 13:57:30
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22楼
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Originally posted by
张浩1988
at 2012-12-25 20:25:53
建议先表达,诱导一下很快的。
呵呵 得出结论了 是模版载体错了。。。。
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23楼
2012-12-26 15:03:12
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