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已经克隆测序到了matK序列，如何界定？急切求助中，谢谢！
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大侠们好，我这边有两个问题帮忙解疑下： 1.我已经通过克隆测序，获得了20几个不同样品的matK序列，大小在700多bp,而NCBI上比对的matK序列有的达到1500bp左右（全基因序列），请问现在要怎么人工剪辑？就是如何确定我克隆到的基因序列长度，用来序列差异分析和构建系统发育树。 2.同上，基因序列长度如何确定，用于genebank的提交？ 3.比如苹果“红富士”，这个品种之前有人已经在NCBI上提交过matK的核苷酸序列，我现在重新测序的和前人略有不同，还可以申请提交吗？ |
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2楼2012-06-01 16:40:37
3楼2012-06-01 21:30:31
4楼2012-06-02 00:45:34
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谢谢楼上的回复，那么请问： 如《基于rbcL、matK基因序列探讨松科系统进化的可能性。。。》这篇文章中，克隆rbcL基因所用引物为正向---5‘-ATGTCACCAAAAACAGAGACT-3’ 反向----5‘TCACAAGCAGCAGCTAGTTC-3’。他提交到NCBI上的一条序列编号AY389136， 序列是 1 gtcggattca aagctggtgt taaagattac agattaactt attatactcc tgaatatcag 61 accaaagata cggatatctt ggcagcattc cgagtaactc ctcaacctgg ggtgccgccc 121 gaggaagcgg gagcagcagt agctgctgaa tcttccaccg gtacatggac cactgtttgg 181 accgatggac ttactagtct tgatcgttac aagggacgat gctatgacat cgaggccgtt 241 cctggagagg agagtcaatt tattgcctat gtagcttacc ccttagacct tttcgaagaa 301 ggttctgtta ctaacttgtt cacttccatt gtaggtaatg tatttggatt caaggcccta 361 cgggctctac gtttggaaga tttgcggatc ccccctgctt attccaaaac ttttcaaggt 421 ccacctcatg gtatccaagt cgaaagggat aaattgaaca aatatggccg tcctttattg 481 ggatgtacta tcaaaccaaa attgggtcta tcggctaaga actatggtag agcagtttac 541 gaatgtctcc gtggtggact cgattttacc aaggatgatg agaacgtaaa ttcccaacca 601 ttcatgcgct ggagagatcg ttttgtcttt tgtgcggaag caatttataa ggctcaggct 661 gagacgggtg aaattaaggg acattacttg aatgctactg caggtacatg tgaagaaatg 721 atgaaaaggg cagtatttgc aagagaattg ggagttccta tcgttatgca tgactatctg 781 acgggaggtt ttactgcaaa tacttctttg gctcattatt gccgagacaa cggcctactt 841 cttcacattc accgcgcgat gcatgcagtt attgacagac aaagaaatca tggcatgcat 901 ttccgtgtac tggctaaagc attgcgtatg tccggtggag atcatattca cgccggtact 961 gtagtaggta aacttgaagg ggaacgagaa gtcactttag ggtttgttga tctactgcgt 1021 gatgatttta ttgaaaaaga tcgaagtcgt ggtatttact tcactcaaga ctgggtatct 1081 atgccaggtg ttctgcccgt agcttcagga ggtattcacg tttggcatat gcctgctctg 1141 accgagatct ttggggatga ttccgtacta cagtttggtg ggggaacttt ggggcaccct 1201 tggggaaatg cgcctggtgc agtagctaat cgggttgctc tagaagcttg tgtacaagct 1261 cgtaatgaag gacgtgatct tgctcgtgaa ggtaatgaag tgatccgtga agct // 从这里看不到引物的序列，这个是怎么解释？即序列提交时候以什么为准，比如从上下游引物开始信息都算，或者其它？ |
5楼2012-06-04 00:13:06
6楼2012-06-04 00:51:39
zhannanxia
银虫 (小有名气)
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? |
7楼2012-06-04 10:41:24
8楼2012-06-04 10:44:20
9楼2012-06-04 10:46:25
【答案】应助回帖
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zhannanxia: 金币+3, ★★★★★最佳答案, 意外的惊喜！感谢小木虫论坛 2012-06-04 14:57:18
zhannanxia: 金币+3, ★★★★★最佳答案, 意外的惊喜！感谢小木虫论坛 2012-06-04 14:57:18
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（1）matK是叶绿体基因，楼主在扩增的时候很可能用的引物本身扩增的区段就比较短，而网上的序列本身较长，这跟引物序列长度有关系；只要你用你的序列blast网上的序列吻合程度在98%以上，就说明是同一个物种，或者同一个属的物种；还有，楼主克隆得到的片段可能已经去掉内含子了，所以长度会减小；用MEGA软件把网上序列的内含子区段去掉就可以了 （2）基因序列你得到多长就可以提交多长，只要你能注释清楚，即在Sequin软件『NCBI Genbank序列提交软件』中注明内含子和外显子就可以了； （3）楼主说道红富士，可见楼主做的事不同品种苹果树的系统发育关系，不知matK是否可行？差异是否够大？品种之间一般采用SSR或者AFLP来分析，利用叶绿体可能分辨率不够。红富士的叶绿体matK序列和网上不一样，也要分情况，如果相似度在98%一下（对齐序列），则说明楼主在克隆的过程中可能遭受污染，克隆到了其他植物物种的matK序列了 |
10楼2012-06-04 11:20:32