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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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zhannanxia

银虫 (小有名气)

[求助] 已经克隆测序到了matK序列,如何界定?急切求助中,谢谢!

大侠们好,我这边有两个问题帮忙解疑下:
1.我已经通过克隆测序,获得了20几个不同样品的matK序列,大小在700多bp,而NCBI上比对的matK序列有的达到1500bp左右(全基因序列),请问现在要怎么人工剪辑?就是如何确定我克隆到的基因序列长度,用来序列差异分析和构建系统发育树。
2.同上,基因序列长度如何确定,用于genebank的提交?
3.比如苹果“红富士”,这个品种之前有人已经在NCBI上提交过matK的核苷酸序列,我现在重新测序的和前人略有不同,还可以申请提交吗?
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zhannanxia

银虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by zhannanxia at 2012-06-04 10:44:20
你好,感谢指点。4楼的问题,能不能帮忙进一步解释下...

看错了,是5楼
9楼2012-06-04 10:46:25
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查看全部 11 个回答

zhannanxia

银虫 (小有名气)

不知道描述详尽不,
自己再顶一下,
2楼2012-06-01 16:40:37
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linyanfei

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zhaohq1209: 金币+2, 有道理~ 2012-06-02 10:31:01
zhannanxia: 金币+2, ★★★很有帮助 2012-06-04 10:48:07
你的matK是什么基因呀?你用你的上下游引物比对了后,剪切掉载体上的序列,剩下的就是你的目的序列了!还有,如果你的cDNA序列只是同别人的序列只差几个碱基的话那你就要慎重了,有可能是碱基错配造成的,最好是比对一下氨基酸序列!如果氨基酸序列不一样的话,还可以考虑,如果氨基酸序列完全一样的话那就没有必要了!
3楼2012-06-01 21:30:31
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zhaohq1209: 金币+2, 有帮助~只选取已有的序列做比对 2012-06-02 10:31:25
zhannanxia: 金币+2, 有帮助 2012-06-04 10:47:30
如要建系统发育树,那你需要截取NCBI上相关序列的相应区域,然后再作比对建树。可以先把你的序列和NCBI的一起做个多序列比对,然后根据结果截取各序列的相应片段,再重新做多序列比对建树。
4楼2012-06-02 00:45:34
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