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已经克隆测序到了matK序列，如何界定？急切求助中，谢谢！
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大侠们好，我这边有两个问题帮忙解疑下： 1.我已经通过克隆测序，获得了20几个不同样品的matK序列，大小在700多bp,而NCBI上比对的matK序列有的达到1500bp左右（全基因序列），请问现在要怎么人工剪辑？就是如何确定我克隆到的基因序列长度，用来序列差异分析和构建系统发育树。 2.同上，基因序列长度如何确定，用于genebank的提交？ 3.比如苹果“红富士”，这个品种之前有人已经在NCBI上提交过matK的核苷酸序列，我现在重新测序的和前人略有不同，还可以申请提交吗？ |
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【答案】应助回帖
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zhannanxia: 金币+3, ★★★★★最佳答案, 意外的惊喜！感谢小木虫论坛 2012-06-04 14:57:18
zhannanxia: 金币+3, ★★★★★最佳答案, 意外的惊喜！感谢小木虫论坛 2012-06-04 14:57:18
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（1）matK是叶绿体基因，楼主在扩增的时候很可能用的引物本身扩增的区段就比较短，而网上的序列本身较长，这跟引物序列长度有关系；只要你用你的序列blast网上的序列吻合程度在98%以上，就说明是同一个物种，或者同一个属的物种；还有，楼主克隆得到的片段可能已经去掉内含子了，所以长度会减小；用MEGA软件把网上序列的内含子区段去掉就可以了 （2）基因序列你得到多长就可以提交多长，只要你能注释清楚，即在Sequin软件『NCBI Genbank序列提交软件』中注明内含子和外显子就可以了； （3）楼主说道红富士，可见楼主做的事不同品种苹果树的系统发育关系，不知matK是否可行？差异是否够大？品种之间一般采用SSR或者AFLP来分析，利用叶绿体可能分辨率不够。红富士的叶绿体matK序列和网上不一样，也要分情况，如果相似度在98%一下（对齐序列），则说明楼主在克隆的过程中可能遭受污染，克隆到了其他植物物种的matK序列了 |
10楼2012-06-04 11:20:32