应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 已经克隆测序到了matK序列，如何界定？急切求助中，谢谢！
51/1返回列表
查看: 1851  |  回复: 10
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

zhannanxia

银虫 (小有名气)

[求助] 已经克隆测序到了matK序列，如何界定？急切求助中，谢谢！

大侠们好，我这边有两个问题帮忙解疑下：
1.我已经通过克隆测序，获得了20几个不同样品的matK序列，大小在700多bp,而NCBI上比对的matK序列有的达到1500bp左右（全基因序列），请问现在要怎么人工剪辑？就是如何确定我克隆到的基因序列长度，用来序列差异分析和构建系统发育树。
2.同上，基因序列长度如何确定，用于genebank的提交？
3.比如苹果“红富士”，这个品种之前有人已经在NCBI上提交过matK的核苷酸序列，我现在重新测序的和前人略有不同，还可以申请提交吗？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼2012-06-01 00:54:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhannanxia

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by stone2239 at 2012-06-02 00:45:34
如要建系统发育树，那你需要截取NCBI上相关序列的相应区域，然后再作比对建树。可以先把你的序列和NCBI的一起做个多序列比对，然后根据结果截取各序列的相应片段，再重新做多序列比对建树。

你好，感谢指点。4楼的问题，能不能帮忙进一步解释下
赞一下 回复此楼
8楼2012-06-04 10:44:20
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 11 个回答

zhannanxia

银虫 (小有名气)
不知道描述详尽不，
自己再顶一下，
赞一下 回复此楼
2楼2012-06-01 16:40:37
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

linyanfei

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhaohq1209: 金币+2, 有道理~ 2012-06-02 10:31:01
zhannanxia: 金币+2, ★★★很有帮助 2012-06-04 10:48:07
你的matK是什么基因呀？你用你的上下游引物比对了后，剪切掉载体上的序列，剩下的就是你的目的序列了！还有，如果你的cDNA序列只是同别人的序列只差几个碱基的话那你就要慎重了，有可能是碱基错配造成的，最好是比对一下氨基酸序列！如果氨基酸序列不一样的话，还可以考虑，如果氨基酸序列完全一样的话那就没有必要了！
赞一下 回复此楼
3楼2012-06-01 21:30:31
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhaohq1209: 金币+2, 有帮助~只选取已有的序列做比对 2012-06-02 10:31:25
zhannanxia: 金币+2, ★有帮助 2012-06-04 10:47:30
如要建系统发育树，那你需要截取NCBI上相关序列的相应区域，然后再作比对建树。可以先把你的序列和NCBI的一起做个多序列比对，然后根据结果截取各序列的相应片段，再重新做多序列比对建树。
赞一下 回复此楼
4楼2012-06-02 00:45:34
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 11 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭