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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 测序结果只能找到上游引物，没有下游引物是怎么回事啊
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kabuqinuo89

新虫 (小有名气)

[求助] 测序结果只能找到上游引物，没有下游引物是怎么回事啊

我用兼并引物扩增出几个序列，连接到T载体上，送去测序，可是正反向序列都有上游引物，而没有下游引物是怎么回事啊？而且好像两组兼并引物都只能找到一个引物。求解
而且在序列上也没找到T载体插入位点两边的序列，这到底是怎么回事啊
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1楼 2012-05-22 22:46:24
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yuluoqiutong

木虫 (正式写手)

初出茅庐

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
1949stone: 金币+1, 选择双向可以弥补 2012-05-26 11:57:49
目的片段的长度是多少？一般来说，测序一个反应只有八九百BP大小，如果你的引物超过了900bp，就算测出来了，900之后的是十分不准的，一般都不看的
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2楼2012-05-23 09:08:53
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kabuqinuo89

新虫 (小有名气)
1949stone: , 一般是可以的 你可以比对下 2012-05-26 11:58:16
引用回帖:
2楼: Originally posted by yuluoqiutong at 2012-05-23 09:08:53:
目的片段的长度是多少？一般来说，测序一个反应只有八九百BP大小，如果你的引物超过了900bp，就算测出来了，900之后的是十分不准的，一般都不看的

1000多bp，不过按理说两边引物都应该找的到的啊
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3楼2012-05-23 09:32:19
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yuluoqiutong

木虫 (正式写手)

初出茅庐

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by kabuqinuo89 at 2012-05-23 09:32:19:
1000多bp，不过按理说两边引物都应该找的到的啊

1000多？900之后的就没有参考性了，实在不放心就再测一风反应试试
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4楼2012-05-24 09:33:35
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kabuqinuo89

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by yuluoqiutong at 2012-05-24 09:33:35:
1000多？900之后的就没有参考性了，实在不放心就再测一风反应试试

但测得是双向，应该都能找到才是啊
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5楼2012-05-24 09:47:31
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damaomao

禁虫 (正式写手)
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1949stone: , 我测的也可以找得到 2012-05-26 11:58:39
本帖内容被屏蔽
6楼2012-05-24 10:18:45
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kabuqinuo89

新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by damaomao at 2012-05-24 10:18:45:
不应该啊 我们测得1300bp的都能找得到。

那帮我想想吧
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7楼2012-05-24 14:48:50
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慢吞吞1987

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

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1949stone: , 很可能啊 2012-05-26 11:58:51
找下游引物时要找反向互补的，是不是找反了啊？
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8楼2012-05-24 16:25:11
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tianlt

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
1949stone: 金币+1, 同意 2012-05-26 11:59:09
单次测序800BP以后的序列基本上就不具备任何意义了，你可以多重比对下，可能从中比对到你的引物滴。很可能是测掉了些碱基
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9楼2012-05-24 16:39:53
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syn1985

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

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1949stone: , 找引物 一般不会错 2012-05-26 11:59:28
你blast 看看是不是你的目的基因 很可能是错配的
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10楼2012-05-24 19:38:02
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