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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 测序结果中不到引物
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崔永霞

铁虫 (小有名气)

[求助] 测序结果中不到引物

各位高手，我最近在扩一个基因的全长序列，我现在根据这个基因的全长编码序列，跨编码序列的起始密码子和终止密码子设计了一对引物，预计片段长度大约1200bp，PCR之后电泳检测也是1200bp，可是为啥我在测序结果中找不到我的引物序列呢？我是PCR产物直接测得序。难道是没扩有扩到全长吗？
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每个人都有心底最柔软的地方，请不要触碰它，因为每个人都有自己的尊严！
1楼2013-10-28 20:24:24
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励交流！ 2013-10-29 01:04:29
崔永霞: 金币+2, ★有帮助, 谢谢！ 2013-10-29 08:39:41
测序结果在靠近引物区域的分辨率很差，一般是在测序引物后面二十个碱基开始有较好的结果。
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2楼2013-10-29 00:49:17
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崔永霞

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by cicelyzh at 2013-10-29 00:49:17
测序结果在靠近引物区域的分辨率很差，一般是在测序引物后面二十个碱基开始有较好的结果。

那有什么方法可以确定这没有测出来的20几个碱基吗？连载体后测序可以吗？
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每个人都有心底最柔软的地方，请不要触碰它，因为每个人都有自己的尊严！
3楼2013-10-29 08:39:22
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yaping1988

新虫 (初入文坛)
连接载体应该可以测到全长的，可以用载体提供的测序引物
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4楼2013-10-29 10:59:10
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 崔永霞 at 2013-10-29 08:39:22
那有什么方法可以确定这没有测出来的20几个碱基吗？连载体后测序可以吗？...

可以的。载体上的通用引物通常位于插入位点上下游几十个碱基处，一般没有问题。实在不行可以自己另行设计引物，保证测到全长序列。
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5楼2013-10-30 03:38:45
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rb

木虫 (著名写手)

小笨虫虫

【答案】应助回帖

最简单的是接到T载体上然后直接测序。
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寝室楼的大爷、大妈都是哲学家，他们每天都在思考人类最根本的三个问题：你是谁？你从哪儿来？要去哪儿？
6楼2013-11-01 13:25:47
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