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mengmenglu

金虫 (小有名气)

[求助] ORF老是扩不出来

各位大虾,最近遇到点问题。之前扩全长已扩完,最近做表达,要把ORF片段连到PET载体上。根据ORF设计了引物,上游引物GC含量比较低,只有25%。用此引物扩CDNA时,片段大小符合,回收,连接,转化后测序,发现测序结果只有其中一条引物匹配,要么上游引物,要么下游引物,除此之外其他的碱基都不能匹配。做了好多次了,都扩不出来。后来又用了 LA Taq酶,也不行。谁能给支支招啊,这一个表达做了好几个月了,就在ORF这里卡住了。可以肯定的是ORF序列没问题。
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camen

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
mengmenglu(金币+1): 2011-08-22 22:25:31
看天(金币+3): 新人鼓励 2011-08-23 08:28:43
mengmenglu(金币+1): 谢谢 2011-09-09 17:00:48
mengmenglu(金币+3): 2011-10-07 17:47:05
最大可能就是你引物有问题,如果你从基因组里扩增,很可能是出现了错配。
你的PCR产物跑胶时又没有杂带或者弥散?
首先调整PCR条件,看能不能得到特异性产物。
不行的话重新设计引物
2楼2011-08-22 21:42:17
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mengmenglu

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by camen at 2011-08-22 21:42:17:
最大可能就是你引物有问题,如果你从基因组里扩增,很可能是出现了错配。
你的PCR产物跑胶时又没有杂带或者弥散?
首先调整PCR条件,看能不能得到特异性产物。
不行的话重新设计引物

我的引物是根据ORF序列来设计的,一头一尾,都加了酶切位点的,没办法改变了,每次PCR扩增都有条带,而且条带大小也符合,也没有什么非特异性条带。但是回收后连接转化测序就得不到想要的东西。可能只能再优化PCR条件了。谢谢你!
3楼2011-08-22 22:28:48
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780871756

新虫 (初入文坛)

我也是这样啊,,,,
aa
4楼2011-10-18 12:47:25
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wlwabcd

铜虫 (正式写手)

同求!我的5'端是GCrich区,3'端是ATrich区。有没有什么好办法可以解决。推荐几个好点的酶也可以,谢谢!
5楼2011-10-18 15:47:41
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jasco

木虫 (正式写手)

有个复杂点的办法:
分析序列,看看能不能找到合适的酶切微点,分成两段做,先扩一段并放入pet载体得到一个中间载体,然后再扩后面一段再放入中间载体
6楼2011-10-19 21:59:46
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mengmenglu

金虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by wlwabcd at 2011-10-18 15:47:41:
同求!我的5'端是GCrich区,3'端是ATrich区。有没有什么好办法可以解决。推荐几个好点的酶也可以,谢谢!

我的已经解决了。经分析,是引物的问题。之前我的上下游引物都是20bp的,后来我把上下游引物均增加到30bp,一次性搞定,现在表达都要做完了。呵呵,大伙,加油啊!
7楼2011-10-21 20:17:06
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mengmenglu

金虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 780871756 at 2011-10-18 12:47:25:
我也是这样啊,,,,

你也重新设计引物试试吧。
8楼2011-10-21 20:17:43
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曦曦木语

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
7楼: Originally posted by mengmenglu at 2011-10-21 20:17:06
我的已经解决了。经分析,是引物的问题。之前我的上下游引物都是20bp的,后来我把上下游引物均增加到30bp,一次性搞定,现在表达都要做完了。呵呵,大伙,加油啊!...

我遇到了相同的问题,不过我的引物都30多bp了,每次都有条带,但是就是连不上载体,心好累
9楼2018-01-13 13:47:53
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