24小时热门版块排行榜    

查看: 1954  |  回复: 16

thh2008

铜虫 (初入文坛)

[交流] 【求助/交流】完整ORF判断的软件 已有7人参与

请问一下大家,有没有哪个网址或软件可以判断所克隆的ORF是否是完整的?谢谢!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

brightfuture01

木虫之王 (文坛精英)

我爱打老虎

文献杰出贡献

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
1949stone(金币+1):鼓励 2010-10-16 19:10:33
Google里面搜索 ORFinder ,我最喜欢用的是这个。
The world is a fine place and worth fighting for. I agree with the second part.
2楼2010-10-08 16:28:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jasco

木虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ncbi的orffinder
3楼2010-10-08 16:36:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

thh2008

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
Originally posted by brightfuture01 at 2010-10-08 16:28:35:
Google里面搜索 ORFinder ,我最喜欢用的是这个。

请问用这个查找了之后,怎么判定它就是complate CDS呢?
4楼2010-10-13 17:43:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

brightfuture01

木虫之王 (文坛精英)

我爱打老虎

文献杰出贡献


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
根据起始密码子和终止密码子确定。
The world is a fine place and worth fighting for. I agree with the second part.
5楼2010-10-13 20:21:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

thh2008

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
Originally posted by brightfuture01 at 2010-10-13 20:21:33:
根据起始密码子和终止密码子确定。

有的话就说明是完整的CDS吗?
6楼2010-10-13 21:15:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

brightfuture01

木虫之王 (文坛精英)

我爱打老虎

文献杰出贡献


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by thh2008 at 2010-10-13 21:15:22:

有的话就说明是完整的CDS吗?

至少原核基因是这样的,真核的话有上游序列可能遗漏。
The world is a fine place and worth fighting for. I agree with the second part.
7楼2010-10-14 08:46:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

thh2008

铜虫 (初入文坛)


silicare(金币+1):谢谢参与,鼓励上图 2010-10-18 12:01:46
引用回帖:
Originally posted by brightfuture01 at 2010-10-14 08:46:39:



至少原核基因是这样的,真核的话有上游序列可能遗漏。

能帮我看看吗?我有点看不懂
8楼2010-10-14 20:59:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

brightfuture01

木虫之王 (文坛精英)

我爱打老虎

文献杰出贡献

★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
scelab(金币+5):热心~~~ 2010-10-14 22:27:30
这个图的意思是:

在判定ORF时,因为序列方向的不定性,所以程序会从正反两端做查找。

根据密码子的三联体特性,所以查找时会移码查找,以下面这段序列为例

aatttaaaaatttaattt正向有三个起始法:aat,att,ttt;反向也同样有三种:ttt,tta,taa。

从你的这个结果来看,长度为1785的那个+3,在图上是你的绿色条最长的那个是一

个完整的ORF,当然剩下的绿条部分都是,但是这个最长,所以最有可能是你的目的

基因。

不知道我表述清楚了没,
The world is a fine place and worth fighting for. I agree with the second part.
9楼2010-10-14 22:04:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yixuanwin

铁杆木虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by brightfuture01 at 2010-10-14 22:04:48:
这个图的意思是:

在判定ORF时,因为序列方向的不定性,所以程序会从正反两端做查找。

根据密码子的三联体特性,所以查找时会移码查找,以下面这段序列为例

aatttaaaaatttaattt正向有三个起始法:aat,at ...

图的左右 不是对应的么?
10楼2010-10-15 09:30:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 thh2008 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 286求调剂 +5 Faune 2026-03-21 5/250 2026-03-21 14:37 by lature00
[考研] 330求调剂0854 +3 assdll 2026-03-21 3/150 2026-03-21 13:01 by 搏击518
[考研] 南昌大学材料专硕311分求调剂 +6 77chaselx 2026-03-20 6/300 2026-03-21 07:24 by JourneyLucky
[考研] 一志愿山大07化学 332分 四六级已过 本科山东双非 求调剂! +3 不想理你 2026-03-16 3/150 2026-03-21 03:59 by JourneyLucky
[考研] 一志愿华中科技大学,080502,354分求调剂 +5 守候夕阳CF 2026-03-18 5/250 2026-03-21 01:06 by JourneyLucky
[考研] 一志愿华南师大 070300(化学)304分求调剂 +3 0703武芊慧雪304 2026-03-18 3/150 2026-03-21 00:48 by JourneyLucky
[考研] 南京大学化学376求调剂 +3 hisfailed 2026-03-19 6/300 2026-03-20 23:43 by hisfailed
[考研] 288求调剂 +16 于海海海海 2026-03-19 16/800 2026-03-20 22:28 by JourneyLucky
[考研] 287求调剂 +7 晨昏线与星海 2026-03-19 8/400 2026-03-20 22:19 by JourneyLucky
[考研] 085600材料与化工 +8 安全上岸! 2026-03-16 8/400 2026-03-20 22:13 by luoyongfeng
[考研] 329求调剂 +9 想上学吖吖 2026-03-19 9/450 2026-03-20 22:01 by luoyongfeng
[考研] 260求调剂 +3 朱芷琳 2026-03-20 3/150 2026-03-20 20:35 by 学员8dgXkO
[考研] 281求调剂(0805) +14 烟汐忆海 2026-03-16 25/1250 2026-03-20 15:47 by yuncha
[考研] 085410人工智能专硕317求调剂(0854都可以) +4 xbxudjdn 2026-03-18 4/200 2026-03-20 09:07 by 不168
[考研] 求调剂 +3 暗涌afhb 2026-03-16 3/150 2026-03-20 00:28 by 河南大学校友
[考研] 081700化工学硕调剂 +3 【1】 2026-03-16 3/150 2026-03-19 23:40 by edmund7
[考研] 一志愿福大288有机化学,求调剂 +3 小木虫200408204 2026-03-18 3/150 2026-03-19 13:31 by houyaoxu
[考研] 考研求调剂 +3 橘颂. 2026-03-17 4/200 2026-03-17 21:43 by 有只狸奴
[考研] 有没有道铁/土木的想调剂南林,给自己招师弟中~ +3 TqlXswl 2026-03-16 7/350 2026-03-17 15:23 by TqlXswl
[考研] 277材料科学与工程080500求调剂 +3 自由煎饼果子 2026-03-16 3/150 2026-03-16 14:10 by 运气yunqi
信息提示
请填处理意见