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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 动植物 » 综合其他 » 【求助/交流】完整ORF判断的软件
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thh2008

铜虫 (初入文坛)

[交流] 【求助/交流】完整ORF判断的软件 已有7人参与

请问一下大家，有没有哪个网址或软件可以判断所克隆的ORF是否是完整的？谢谢！
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1楼 2010-10-08 14:57:54
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brightfuture01

木虫之王 (文坛精英)

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1949stone(金币+1):鼓励 2010-10-16 19:10:33
Google里面搜索 ORFinder ，我最喜欢用的是这个。
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The world is a fine place and worth fighting for. I agree with the second part.
2楼2010-10-08 16:28:35
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jasco

木虫 (正式写手)
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ncbi的orffinder
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3楼2010-10-08 16:36:36
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thh2008

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by brightfuture01 at 2010-10-08 16:28:35:
Google里面搜索 ORFinder ，我最喜欢用的是这个。

请问用这个查找了之后，怎么判定它就是complate CDS呢？
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4楼2010-10-13 17:43:32
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brightfuture01

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根据起始密码子和终止密码子确定。
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5楼2010-10-13 20:21:33
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thh2008

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by brightfuture01 at 2010-10-13 20:21:33:
根据起始密码子和终止密码子确定。

有的话就说明是完整的CDS吗？
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6楼2010-10-13 21:15:22
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brightfuture01

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Originally posted by thh2008 at 2010-10-13 21:15:22:

有的话就说明是完整的CDS吗？

至少原核基因是这样的，真核的话有上游序列可能遗漏。
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7楼2010-10-14 08:46:39
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thh2008

铜虫 (初入文坛)
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silicare(金币+1):谢谢参与，鼓励上图 2010-10-18 12:01:46
引用回帖:
Originally posted by brightfuture01 at 2010-10-14 08:46:39:



至少原核基因是这样的，真核的话有上游序列可能遗漏。

能帮我看看吗？我有点看不懂
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8楼2010-10-14 20:59:15
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brightfuture01

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scelab(金币+5):热心~~~ 2010-10-14 22:27:30
这个图的意思是：

在判定ORF时，因为序列方向的不定性，所以程序会从正反两端做查找。

根据密码子的三联体特性，所以查找时会移码查找，以下面这段序列为例

aatttaaaaatttaattt正向有三个起始法：aat,att,ttt;反向也同样有三种：ttt,tta,taa。

从你的这个结果来看，长度为1785的那个+3，在图上是你的绿色条最长的那个是一

个完整的ORF，当然剩下的绿条部分都是，但是这个最长，所以最有可能是你的目的

基因。

不知道我表述清楚了没，
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9楼2010-10-14 22:04:48
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yixuanwin

铁杆木虫 (正式写手)
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引用回帖:
Originally posted by brightfuture01 at 2010-10-14 22:04:48:
这个图的意思是：

在判定ORF时，因为序列方向的不定性，所以程序会从正反两端做查找。

根据密码子的三联体特性，所以查找时会移码查找，以下面这段序列为例

aatttaaaaatttaattt正向有三个起始法：aat,at ...

图的左右 不是对应的么？
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10楼2010-10-15 09:30:29
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