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lstt09nk:请勿纯表! 2010-10-15 13:19:40
11楼2010-10-15 09:43:59
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thh2008

铜虫 (初入文坛)

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Originally posted by brightfuture01 at 2010-10-14 22:04:48:
这个图的意思是:

在判定ORF时,因为序列方向的不定性,所以程序会从正反两端做查找。

根据密码子的三联体特性,所以查找时会移码查找,以下面这段序列为例

aatttaaaaatttaattt正向有三个起始法:aat,at ...

差不多懂,但是图右边表示的frame+3是什么意思啊?右边是描述跟左边的图是对应的吗?呵呵,谢谢了啊
12楼2010-10-16 19:05:47
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thh2008

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
Originally posted by thh2008 at 2010-10-14 20:59:15:

   
能帮我看看吗?我有点看不懂

还有个问题想请教你,5‘RACE扩增时,巢式扩增是不是很容易缩短导致没有5'UTR区啊?我的5'测序结果是ATG上游只有AC两个碱基,不知道是不是完整的ORF,5'还需要重新扩增不?谢谢
13楼2010-10-16 19:10:10
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带刀猎人

新虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
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Originally posted by thh2008 at 2010-10-13 21:15:22:

有的话就说明是完整的CDS吗?

同学,ORF和CDS是两个不同的概念!
14楼2010-10-16 19:16:04
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taigongzaici

新虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ncbi的orffinder
,7楼的给出的例子很好了
15楼2010-10-17 08:59:22
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brightfuture01

木虫之王 (文坛精英)

我爱打老虎

文献杰出贡献


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by thh2008 at 2010-10-16 19:05:47:

差不多懂,但是图右边表示的frame+3是什么意思啊?右边是描述跟左边的图是对应的吗?呵呵,谢谢了啊

是的,呵呵, frame不就是ORF的F么,就是开读框的意思啊,+3是正向第三种读码方式的。
The world is a fine place and worth fighting for. I agree with the second part.
16楼2010-10-17 10:15:23
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thh2008

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
Originally posted by brightfuture01 at 2010-10-17 10:15:23:



是的,呵呵, frame不就是ORF的F么,就是开读框的意思啊,+3是正向第三种读码方式的。

还有个问题想请教你,5‘RACE扩增时,巢式扩增是不是很容易缩短导致没有5'UTR区啊?我的5'测序结果是ATG上游只有AC两个碱基,不知道是不是完整的CDS,5'还需要重新扩增不?谢谢
17楼2010-10-18 09:29:46
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