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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 动植物 » 综合其他 » 【求助/交流】完整ORF判断的软件
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qwk123
lstt09nk:请勿纯表！ 2010-10-15 13:19:40
11楼2010-10-15 09:43:59
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thh2008

铜虫 (初入文坛)
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Originally posted by brightfuture01 at 2010-10-14 22:04:48:
这个图的意思是：

在判定ORF时，因为序列方向的不定性，所以程序会从正反两端做查找。

根据密码子的三联体特性，所以查找时会移码查找，以下面这段序列为例

aatttaaaaatttaattt正向有三个起始法：aat,at ...

差不多懂，但是图右边表示的frame+3是什么意思啊？右边是描述跟左边的图是对应的吗？呵呵，谢谢了啊
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12楼2010-10-16 19:05:47
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thh2008

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by thh2008 at 2010-10-14 20:59:15:

   
能帮我看看吗？我有点看不懂

还有个问题想请教你，5‘RACE扩增时，巢式扩增是不是很容易缩短导致没有5'UTR区啊？我的5'测序结果是ATG上游只有AC两个碱基，不知道是不是完整的ORF，5'还需要重新扩增不？谢谢
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13楼2010-10-16 19:10:10
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带刀猎人

新虫 (小有名气)
★
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引用回帖:
Originally posted by thh2008 at 2010-10-13 21:15:22:

有的话就说明是完整的CDS吗？

同学，ORF和CDS是两个不同的概念！
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14楼2010-10-16 19:16:04
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taigongzaici

新虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ncbi的orffinder
，7楼的给出的例子很好了
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15楼2010-10-17 08:59:22
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brightfuture01

木虫之王 (文坛精英)

我爱打老虎

文献杰出贡献
★
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引用回帖:
Originally posted by thh2008 at 2010-10-16 19:05:47:

差不多懂，但是图右边表示的frame+3是什么意思啊？右边是描述跟左边的图是对应的吗？呵呵，谢谢了啊

是的，呵呵， frame不就是ORF的F么，就是开读框的意思啊，+3是正向第三种读码方式的。
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The world is a fine place and worth fighting for. I agree with the second part.
16楼2010-10-17 10:15:23
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thh2008

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by brightfuture01 at 2010-10-17 10:15:23:



是的，呵呵， frame不就是ORF的F么，就是开读框的意思啊，+3是正向第三种读码方式的。

还有个问题想请教你，5‘RACE扩增时，巢式扩增是不是很容易缩短导致没有5'UTR区啊？我的5'测序结果是ATG上游只有AC两个碱基，不知道是不是完整的CDS，5'还需要重新扩增不？谢谢
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17楼2010-10-18 09:29:46
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