应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 动植物 » 综合其他 » 【求助/交流】完整ORF判断的软件
172/2返回列表上一页12
查看: 1956  |  回复: 16
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

qwk123
lstt09nk:请勿纯表！ 2010-10-15 13:19:40
11楼2010-10-15 09:43:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

thh2008

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by brightfuture01 at 2010-10-14 22:04:48:
这个图的意思是：

在判定ORF时，因为序列方向的不定性，所以程序会从正反两端做查找。

根据密码子的三联体特性，所以查找时会移码查找，以下面这段序列为例

aatttaaaaatttaattt正向有三个起始法：aat,at ...

差不多懂，但是图右边表示的frame+3是什么意思啊？右边是描述跟左边的图是对应的吗？呵呵，谢谢了啊
赞一下 回复此楼
12楼2010-10-16 19:05:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

thh2008

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by thh2008 at 2010-10-14 20:59:15:

   
能帮我看看吗？我有点看不懂

还有个问题想请教你，5‘RACE扩增时，巢式扩增是不是很容易缩短导致没有5'UTR区啊？我的5'测序结果是ATG上游只有AC两个碱基，不知道是不是完整的ORF，5'还需要重新扩增不？谢谢
赞一下 回复此楼
13楼2010-10-16 19:10:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

带刀猎人

新虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by thh2008 at 2010-10-13 21:15:22:

有的话就说明是完整的CDS吗？

同学，ORF和CDS是两个不同的概念！
赞一下(1人) 回复此楼
14楼2010-10-16 19:16:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

taigongzaici

新虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ncbi的orffinder
，7楼的给出的例子很好了
赞一下(1人) 回复此楼
15楼2010-10-17 08:59:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

brightfuture01

木虫之王 (文坛精英)

我爱打老虎

文献杰出贡献
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by thh2008 at 2010-10-16 19:05:47:

差不多懂，但是图右边表示的frame+3是什么意思啊？右边是描述跟左边的图是对应的吗？呵呵，谢谢了啊

是的，呵呵， frame不就是ORF的F么，就是开读框的意思啊，+3是正向第三种读码方式的。
赞一下(1人) 回复此楼
The world is a fine place and worth fighting for. I agree with the second part.
16楼2010-10-17 10:15:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

thh2008

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by brightfuture01 at 2010-10-17 10:15:23:



是的，呵呵， frame不就是ORF的F么，就是开读框的意思啊，+3是正向第三种读码方式的。

还有个问题想请教你，5‘RACE扩增时，巢式扩增是不是很容易缩短导致没有5'UTR区啊？我的5'测序结果是ATG上游只有AC两个碱基，不知道是不是完整的CDS，5'还需要重新扩增不？谢谢
赞一下 回复此楼
17楼2010-10-18 09:29:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 thh2008 的主题更新
172/2返回列表上一页12
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 266求调剂 +3 哇呼哼呼哼 2026-03-20 3/150 2026-03-21 16:46 by barlinike
[考研] 278求调剂 +8 烟火先于春 2026-03-17 8/400 2026-03-21 16:00 by ColorlessPI
[考研] 初始318分求调剂（有工作经验） +3 1911236844 2026-03-17 3/150 2026-03-21 02:33 by JourneyLucky
[考研] 一志愿中国石油大学（华东） 本科齐鲁工业大学 +3 石能伟 2026-03-17 3/150 2026-03-21 02:22 by JourneyLucky
[考研] 华东师范大学-071000生物学-293分-求调剂 +3 研究生何瑶明 2026-03-18 3/150 2026-03-21 01:30 by JourneyLucky
[考研] 324分 085600材料化工求调剂 +4 llllkkkhh 2026-03-18 4/200 2026-03-21 01:24 by JourneyLucky
[考研] 354求调剂 +5 Tyoumou 2026-03-18 8/400 2026-03-21 00:35 by JourneyLucky
[考研] 一志愿中南化学（0703）总分337求调剂 +8 niko- 2026-03-19 9/450 2026-03-20 21:57 by luoyongfeng
[考研] 一志愿西南交通 专硕 材料355 本科双非 求调剂 +5 西南交通专材355 2026-03-19 5/250 2026-03-20 21:10 by JourneyLucky
[考研] 材料学求调剂 +4 Stella_Yao 2026-03-20 4/200 2026-03-20 20:28 by ms629
[考研] 0856调剂，是学校就去 +8 sllhht 2026-03-19 9/450 2026-03-20 14:25 by 无懈可击111
[考博] 招收博士1-2人 +3 QGZDSYS 2026-03-18 3/150 2026-03-20 11:58 by 呱呱呱呱叫
[考研] 一志愿中国海洋大学，生物学，301分，求调剂 +5 1孙悟空 2026-03-17 6/300 2026-03-19 23:46 by zcl123
[考研] 0703化学调剂 +4 18889395102 2026-03-18 4/200 2026-03-19 16:13 by 30660438
[考研] 材料与化工求调剂 +7 为学666 2026-03-16 7/350 2026-03-19 14:48 by 尽舜尧1
[考研] 286求调剂 +6 lemonzzn 2026-03-16 10/500 2026-03-19 14:31 by lemonzzn
[考研] 本科郑州大学物理学院，一志愿华科070200学硕，346求调剂 +4 我不是一根葱 2026-03-18 4/200 2026-03-19 09:11 by 浮云166
[考研] 085601专硕，总分342求调剂，地区不限 +5 share_joy 2026-03-16 5/250 2026-03-18 14:48 by haxia
[考研] 275求调剂 +4 太阳花天天开心 2026-03-16 4/200 2026-03-17 10:53 by 功夫疯狂
[考研] 机械专硕325，寻找调剂院校 +3 y9999 2026-03-15 5/250 2026-03-16 19:58 by y9999
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭