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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】如何判断mRNA的读码框的完整性
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tiani_tan

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】如何判断mRNA的读码框的完整性 已有3人参与

各位大虾：
      物种的基因组信息未知，拿到了一个基因的mRNA后如何判断是否具有完整的读码框，3‘末端的好说，关键是5’的，有什么比较明显的特征码，一直在纠结中，求帮助？？？？
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1楼 2010-08-21 21:57:16
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yujiaping1

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
amisking(金币+3):最近和活跃哦！ 2010-08-21 22:30:55
一般认为是否拿到帽子很难判断，但是判断具有完整的阅读框还是不难的
拿到mRNA后，用ORF finder找到最长的阅读框，然后把肽链进行Blast，会找到近缘种的同源肽链，差异不大就对了，一般都具有相同的结构域
还可以用在线工具分析一下信号肽，信号肽通过了，说明最前端的序列正确了
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2楼2010-08-21 22:17:16
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~！
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
学习一下！
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3楼2010-08-21 22:45:08
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tiani_tan

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by yujiaping1 at 2010-08-21 22:17:16:
一般认为是否拿到帽子很难判断，但是判断具有完整的阅读框还是不难的
拿到mRNA后，用ORF finder找到最长的阅读框，然后把肽链进行Blast，会找到近缘种的同源肽链，差异不大就对了，一般都具有相同的结构域
还可 ...

谢谢。
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4楼2010-08-21 22:45:11
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