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zcqcau

铁杆木虫 (著名写手)

[交流] 【求助/交流】如何分析mRNA(包括3‘-和5’端非编码区)

rt,如能举例,可追金币,万分感谢


谢谢虫友帮助,祝大家双节快乐啊
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molecula

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★ ★
reasonspare(金币+5):谢谢分享。 2010-09-24 06:09:20
zcqcau(金币+3):你说的内含子不是mRNA上的吧? 2010-09-24 23:34:32
你说的分析 是分析什么?
整个mRNA序列?   这个真是一个挑战

首先 你要使用PP5 DNASTAR oliga等或者更精密的软件分析正序列

然后找出5'帽子和3'尾巴   当然 加帽子和尾巴是在剪接后水平上的

如果之前的话  还包括的整个内含子序列

所以 我觉得你要根据具体情况具体分析

如果是剪接之前  那么 请分为三部分来分析第一部分是5'端,也就是启动子之前部分,启动子编码甲酰甲硫氨酸。之前还有一部分序列。在剪接过程中会被去掉,并在该部分加上帽子。这个具体是什么,我不知道。第二部分是外显子部分,外显子部分编码氨基酸。所以,你可以逐个分析。第三部分,是内含子部分。内含子会涉及到RNA干涉作用,尤其是mRNA水平上的干涉,与内含子关系无比紧密。

如果是剪接之后  我估计 我也不用废话了 只剩下cDNA了,还有什么可说的?
2楼2010-09-23 23:41:28
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zcqcau

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by molecula at 2010-09-23 23:41:28:
你说的分析 是分析什么?
整个mRNA序列?   这个真是一个挑战

首先 你要使用PP5 DNASTAR oliga等或者更精密的软件分析正序列

然后找出5'帽子和3'尾巴   当然 加帽子和尾巴是在剪接后水平上的

如果之前的 ...

我想问的是譬如“:启动子分析啊,信号肽啊,二三级结构预测啊。。。等等等
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3楼2010-09-24 23:35:16
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molecula

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by zcqcau at 2010-09-24 23:35:16:



我想问的是譬如“:启动子分析啊,信号肽啊,二三级结构预测啊。。。等等等

。。。。。。。。。。。。。。。。。

无语    你的阐述。。。。
4楼2010-09-25 00:43:15
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zcqcau

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by molecula at 2010-09-25 00:43:15:

。。。。。。。。。。。。。。。。。

无语    你的阐述。。。。

为什么无语呢?
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5楼2010-10-02 16:47:53
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