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zcqcau

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[交流] 【求助/交流】如何分析mRNA（包括3‘-和5’端非编码区）

rt，如能举例，可追金币，万分感谢

谢谢虫友帮助，祝大家双节快乐啊

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1楼 2010-09-23 23:04:46

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molecula

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reasonspare(金币+5):谢谢分享。 2010-09-24 06:09:20
zcqcau(金币+3):你说的内含子不是mRNA上的吧？ 2010-09-24 23:34:32

你说的分析是分析什么？
整个mRNA序列？这个真是一个挑战

首先你要使用PP5 DNASTAR oliga等或者更精密的软件分析正序列

然后找出5'帽子和3'尾巴当然加帽子和尾巴是在剪接后水平上的

如果之前的话  还包括的整个内含子序列

所以我觉得你要根据具体情况具体分析

如果是剪接之前  那么请分为三部分来分析第一部分是5'端，也就是启动子之前部分，启动子编码甲酰甲硫氨酸。之前还有一部分序列。在剪接过程中会被去掉，并在该部分加上帽子。这个具体是什么，我不知道。第二部分是外显子部分，外显子部分编码氨基酸。所以，你可以逐个分析。第三部分，是内含子部分。内含子会涉及到RNA干涉作用，尤其是mRNA水平上的干涉，与内含子关系无比紧密。

如果是剪接之后  我估计我也不用废话了只剩下cDNA了，还有什么可说的？

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2楼2010-09-23 23:41:28

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zcqcau

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引用回帖:

Originally posted by molecula at 2010-09-23 23:41:28:
你说的分析是分析什么？
整个mRNA序列？这个真是一个挑战

首先你要使用PP5 DNASTAR oliga等或者更精密的软件分析正序列

然后找出5'帽子和3'尾巴当然加帽子和尾巴是在剪接后水平上的

如果之前的 ...

我想问的是譬如“：启动子分析啊，信号肽啊，二三级结构预测啊。。。等等等

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3楼2010-09-24 23:35:16

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