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tiani_tan

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】如何判断mRNA的读码框的完整性 已有3人参与

各位大虾:
      物种的基因组信息未知,拿到了一个基因的mRNA后如何判断是否具有完整的读码框,3‘末端的好说,关键是5’的,有什么比较明显的特征码,一直在纠结中,求帮助????
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yujiaping1

木虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
amisking(金币+3):最近和活跃哦! 2010-08-21 22:30:55
一般认为是否拿到帽子很难判断,但是判断具有完整的阅读框还是不难的
拿到mRNA后,用ORF finder找到最长的阅读框,然后把肽链进行Blast,会找到近缘种的同源肽链,差异不大就对了,一般都具有相同的结构域
还可以用在线工具分析一下信号肽,信号肽通过了,说明最前端的序列正确了
2楼2010-08-21 22:17:16
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~!


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
学习一下!
3楼2010-08-21 22:45:08
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tiani_tan

金虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by yujiaping1 at 2010-08-21 22:17:16:
一般认为是否拿到帽子很难判断,但是判断具有完整的阅读框还是不难的
拿到mRNA后,用ORF finder找到最长的阅读框,然后把肽链进行Blast,会找到近缘种的同源肽链,差异不大就对了,一般都具有相同的结构域
还可 ...

谢谢。
4楼2010-08-21 22:45:11
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