应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 动植物 » 综合其他 » 【求助/交流】完整ORF判断的软件
171/2返回列表12下一页
查看: 2262  |  回复: 16
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

thh2008

铜虫 (初入文坛)

[交流] 【求助/交流】完整ORF判断的软件 已有7人参与

请问一下大家，有没有哪个网址或软件可以判断所克隆的ORF是否是完整的？谢谢！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2010-10-08 14:57:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

brightfuture01

木虫之王 (文坛精英)

我爱打老虎

文献杰出贡献
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
1949stone(金币+1):鼓励 2010-10-16 19:10:33
Google里面搜索 ORFinder ，我最喜欢用的是这个。
赞一下(2人) 回复此楼
The world is a fine place and worth fighting for. I agree with the second part.
2楼2010-10-08 16:28:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jasco

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ncbi的orffinder
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2010-10-08 16:36:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

thh2008

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by brightfuture01 at 2010-10-08 16:28:35:
Google里面搜索 ORFinder ，我最喜欢用的是这个。

请问用这个查找了之后，怎么判定它就是complate CDS呢？
赞一下 回复此楼
4楼2010-10-13 17:43:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

brightfuture01

木虫之王 (文坛精英)

我爱打老虎

文献杰出贡献
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
根据起始密码子和终止密码子确定。
赞一下(1人) 回复此楼
The world is a fine place and worth fighting for. I agree with the second part.
5楼2010-10-13 20:21:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

thh2008

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by brightfuture01 at 2010-10-13 20:21:33:
根据起始密码子和终止密码子确定。

有的话就说明是完整的CDS吗？
赞一下 回复此楼
6楼2010-10-13 21:15:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

brightfuture01

木虫之王 (文坛精英)

我爱打老虎

文献杰出贡献
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by thh2008 at 2010-10-13 21:15:22:

有的话就说明是完整的CDS吗？

至少原核基因是这样的，真核的话有上游序列可能遗漏。
赞一下(1人) 回复此楼
The world is a fine place and worth fighting for. I agree with the second part.
7楼2010-10-14 08:46:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

thh2008

铜虫 (初入文坛)
★
silicare(金币+1):谢谢参与，鼓励上图 2010-10-18 12:01:46
引用回帖:
Originally posted by brightfuture01 at 2010-10-14 08:46:39:



至少原核基因是这样的，真核的话有上游序列可能遗漏。

能帮我看看吗？我有点看不懂
赞一下(1人) 回复此楼
8楼2010-10-14 20:59:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

brightfuture01

木虫之王 (文坛精英)

我爱打老虎

文献杰出贡献
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
scelab(金币+5):热心~~~ 2010-10-14 22:27:30
这个图的意思是：

在判定ORF时，因为序列方向的不定性，所以程序会从正反两端做查找。

根据密码子的三联体特性，所以查找时会移码查找，以下面这段序列为例

aatttaaaaatttaattt正向有三个起始法：aat,att,ttt;反向也同样有三种：ttt,tta,taa。

从你的这个结果来看，长度为1785的那个+3，在图上是你的绿色条最长的那个是一

个完整的ORF，当然剩下的绿条部分都是，但是这个最长，所以最有可能是你的目的

基因。

不知道我表述清楚了没，
赞一下(3人) 回复此楼
The world is a fine place and worth fighting for. I agree with the second part.
9楼2010-10-14 22:04:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yixuanwin

铁杆木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by brightfuture01 at 2010-10-14 22:04:48:
这个图的意思是：

在判定ORF时，因为序列方向的不定性，所以程序会从正反两端做查找。

根据密码子的三联体特性，所以查找时会移码查找，以下面这段序列为例

aatttaaaaatttaattt正向有三个起始法：aat,at ...

图的左右 不是对应的么？
赞一下(1人) 回复此楼
10楼2010-10-15 09:30:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 thh2008 的主题更新
171/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 投票:  有多少人是今天查系统知道结果的？ +17 爱看书的可乐 2026-08-26 19/950 2026-08-31 21:19 by xiangy672
[基金申请] 基金未中，这种答复是模板吗？ +6 zhaosm1982 2026-08-27 7/350 2026-08-31 21:18 by qdxxmc
[基金申请] 哪位高人中了，把查询到的截图贴出来让我看看，让我长长见识 +6 yuleib84 2026-08-26 7/350 2026-08-31 19:46 by 鱼翔浅底1
[基金申请] 面上意见出来了 +12 黄鸟于飞Chao 2026-08-29 23/1150 2026-08-31 18:57 by 黄鸟于飞Chao
[基金申请] 能否申诉？ +7 echo8914667 2026-08-30 8/400 2026-08-31 17:00 by yihongxu
[基金申请] 29号明天会评吗 +4 笨笨唐 2026-08-28 4/200 2026-08-31 09:30 by huixian257
[基金申请] 国社科又开始会评了，不知道这次命运如何 +6 雨打竹帘 2026-08-30 10/500 2026-08-31 09:29 by huixian257
[考博] 找导师 +6 yuanjiabao 2026-08-29 7/350 2026-08-30 14:40 by 生科新手
[基金申请] 麻烦专家们看看评委们的意见（F口面上） +6 gdd2018 2026-08-28 11/550 2026-08-30 08:58 by 超级无敌华子
[基金申请] 2026年叶企孙基金 +4 bud_bud 2026-08-27 7/350 2026-08-29 07:23 by foolishmani
[基金申请] 为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难 +12 Kittylucky 2026-08-27 13/650 2026-08-29 00:04 by superceng
[基金申请] 基金系统什么内容也没有 30+4 winsaint 2026-08-27 9/450 2026-08-28 11:06 by maolC
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +5 叶九微 2026-08-26 5/250 2026-08-27 10:35 by l_zh2008
[基金申请] 为什么 国际(地区)合作与交流项目 没有放榜？ 10+3 majunge000 2026-08-26 11/550 2026-08-27 08:42 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 我不理解！ +15 Edward_pc 2026-08-26 23/1150 2026-08-26 20:34 by zzuzxg
[基金申请] 2026年8月25日国自然放榜前突然收到列入评审专家邮件，有关系吗？ +25 木水思豆 2026-08-25 28/1400 2026-08-26 14:53 by draco1987
[基金申请] 出来了 +9 trojank 2026-08-26 9/450 2026-08-26 14:25 by 宝贝虫子
[基金申请] 为什么国自然不能直接公布 +4 bjdxyxy 2026-08-26 4/200 2026-08-26 13:12 by qingmu1201
[基金申请] 牛来！米来！面来！ +8 beefly 2026-08-26 8/400 2026-08-26 08:37 by xuzhipiao
[基金申请] 在坚冰还盖着北海的时候，我看到了怒放的梅花。 (金币+10) +6 ziyangfang 2026-08-25 9/450 2026-08-25 20:26 by huagongfeihu
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭