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danyzj01

银虫 (正式写手)

[求助] 用PCR扩增后的DNA如何测序？不能直接用PCR就知道是什么菌种之类的吧？

用PCR扩增后的DNA如何测序？不能直接用PCR就知道是什么菌种之类的吧？
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1楼 2012-04-22 14:22:16
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cheng_xiao

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
西瓜: 金币+3, Good！ 2012-04-22 19:17:22
呵呵，如果你只是鉴定菌种的话，可以把PCR产物直接送去测序公司测序，像华大、英骏等，如果你是对基因后续还操作，那你可以把基因克隆到载体上，转入菌种，把菌种送去测序。测序得到的结果到NCBI中比对，看你的菌与谁最相近，这样就可以大体判定了，实验顺利啊
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我努力我奋斗我成功
2楼2012-04-22 16:12:37
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lxj341401

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
西瓜: 金币+4, 应助指数+1, 专家考核, 专家就是专家！ 2012-04-22 19:17:44
用PCR扩增后的DNA一是可以直接送测序公司测序，但如果PCR不纯就测不出来，二是先连接到T载体上，转化验证后送菌测序。
虽然发展了不少DNA指纹技术，并且很多都和PCR有关，但通过一个PCR直接判定是什么菌现在还基本做不到。
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3楼2012-04-22 16:43:51
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chaovt714

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
amisking: 金币+2, 鼓励帮助解答，欢迎继续交流。 2012-04-22 20:52:00
我们做菌种鉴定在16S rRNA基因同源性分析这一步中，先用通用引物扩增出16S rDNA，这一过程最好都在无菌条件下操作，之后将PCR产物进行纯化，附带上适量的你所用的引物，送英俊或生工进行测序，再将测得的序列在NCBI中进行Blast，即可知道你的菌种与哪类细菌亲源关系最近了~~~
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4楼2012-04-22 20:32:04
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danyzj01

银虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by chaovt714 at 2012-04-22 20:32:04:
我们做菌种鉴定在16S rRNA基因同源性分析这一步中，先用通用引物扩增出16S rDNA，这一过程最好都在无菌条件下操作，之后将PCR产物进行纯化，附带上适量的你所用的引物，送英俊或生工进行测序，再将测得的序列在NC ...

生工他们是用什么来测序的呢？
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5楼2012-04-22 22:07:48
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adili

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
生工测序也可以，最好克隆之后测序比较准确一点
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耐心，细心，信心缺一不可
6楼2012-04-26 20:03:45
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fishhuying

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by chaovt714 at 2012-04-22 20:32:04
我们做菌种鉴定在16S rRNA基因同源性分析这一步中，先用通用引物扩增出16S rDNA，这一过程最好都在无菌条件下操作，之后将PCR产物进行纯化，附带上适量的你所用的引物，送英俊或生工进行测序，再将测得的序列在NCBI ...

你好，我是刚刚开始做相关实验的。完全不懂啊，请问PCR产物怎么纯化啊？另外，如果提取的DNA是混合DNA而非纯培养物的DNA，那么如何判定PCR将我混合样本中所有目标菌的DNA都扩增成功了呢？
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7楼2018-03-13 22:45:06
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