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kiruwa

专家顾问 (职业作家)

[求助] 在blast里,如何与最相近的cultured菌株16S rRNA基因信息比对

大家一定碰到过这种情况, 有时候想要和cultured 16S rRNA进行比对,可是系统给出的都是uncultured clones,请问如何在blast里设置,能与序列相似度较大的cultured 细菌基因进行比对. 谢谢.
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请注意,照片不是我本人!!!请不要把此人和我的长相联系到一起去.
1楼 2013-11-25 07:58:29
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zrg1989

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kiruwa: 金币+8 2013-11-30 09:37:06
在blast页面有个Exclude选项，可以勾掉Uncultured/environmental sample sequences
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2楼2013-11-25 10:30:22
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pph0259

木虫 (正式写手)
我看了一下，是该文献，Notes on the characterization of prokaryote strains
for taxonomic purposes. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology (2010), 60, 249–266 DOI 10.1099/ijs.0.016949-0
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10楼2013-12-04 09:41:59
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普通回帖

better2023

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhang8826857: 金币+1, 鼓励应助 2013-11-25 20:45:43
kiruwa: 金币+2 2013-11-30 09:37:10
http://rdp.cme.msu.edu/seqmatch/seqmatch_intro.jsp
http://www.arb-silva.de/
你说的这个问题我也遇到了，正在研究这两个网站，一个是数据库，一个是做进化树的
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3楼2013-11-25 20:02:37
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kiruwa

专家顾问 (职业作家)
引用回帖:
3楼: Originally posted by better2023 at 2013-11-25 20:02:37
http://rdp.cme.msu.edu/seqmatch/seqmatch_intro.jsp
http://www.arb-silva.de/
你说的这个问题我也遇到了，正在研究这两个网站，一个是数据库，一个是做进化树的

RDP里的classifier可信度有多高?
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请注意,照片不是我本人!!!请不要把此人和我的长相联系到一起去.
4楼2013-11-25 21:20:26
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pph0259

木虫 (正式写手)
从菌种鉴定的角度，必须是和模式菌株比较，blast里面那些乱七八糟的仅为参考。
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5楼2013-12-03 16:08:13
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bikexmx

铜虫 (小有名气)
我认为RDP里的classifier可信度要比BLAST高一些，RDP中全是16SrRNA的序列，而BLAST的结果很多是来源于基因组，可信度要低一些
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前方总有更多挑战，战胜恐惧，勇往向前，加油~~~~
6楼2013-12-03 16:57:45
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kiruwa

专家顾问 (职业作家)
引用回帖:
5楼: Originally posted by pph0259 at 2013-12-03 16:08:13
从菌种鉴定的角度，必须是和模式菌株比较，blast里面那些乱七八糟的仅为参考。

请问相似度多少才算同specie,同genus,同family.
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请注意,照片不是我本人!!!请不要把此人和我的长相联系到一起去.
7楼2013-12-03 16:59:32
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pph0259

木虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by kiruwa at 2013-12-03 16:59:32
请问相似度多少才算同specie,同genus,同family....

具体参数有点忘记了，好像是16S小于97%，无需DNA杂交就能定为新种，鉴定新属就更麻烦些。这些指标建议你去那个专门原核细菌鉴定的杂志下载，有固定标准的，你只需要根据条条框框套。
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8楼2013-12-04 09:19:05
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pph0259

木虫 (正式写手)
是International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology
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9楼2013-12-04 09:20:53
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