24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 1952  |  回复: 11
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

kiruwa

专家顾问 (职业作家)

[求助] 在blast里,如何与最相近的cultured菌株16S rRNA基因信息比对

大家一定碰到过这种情况, 有时候想要和cultured 16S rRNA进行比对,可是系统给出的都是uncultured clones,请问如何在blast里设置,能与序列相似度较大的cultured 细菌基因进行比对. 谢谢.
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

有用 微生物多样性

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

请注意,照片不是我本人!!!请不要把此人和我的长相联系到一起去.
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

kiruwa

专家顾问 (职业作家)

引用回帖:
3楼: Originally posted by better2023 at 2013-11-25 20:02:37
http://rdp.cme.msu.edu/seqmatch/seqmatch_intro.jsp
http://www.arb-silva.de/
你说的这个问题我也遇到了,正在研究这两个网站,一个是数据库,一个是做进化树的

RDP里的classifier可信度有多高?
请注意,照片不是我本人!!!请不要把此人和我的长相联系到一起去.
4楼2013-11-25 21:20:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 12 个回答

zrg1989

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
kiruwa: 金币+8 2013-11-30 09:37:06
在blast页面有个Exclude选项,可以勾掉Uncultured/environmental sample sequences
2楼2013-11-25 10:30:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

better2023

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zhang8826857: 金币+1, 鼓励应助 2013-11-25 20:45:43
kiruwa: 金币+2 2013-11-30 09:37:10
http://rdp.cme.msu.edu/seqmatch/seqmatch_intro.jsp
http://www.arb-silva.de/
你说的这个问题我也遇到了,正在研究这两个网站,一个是数据库,一个是做进化树的
3楼2013-11-25 20:02:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pph0259

木虫 (正式写手)

从菌种鉴定的角度,必须是和模式菌株比较,blast里面那些乱七八糟的仅为参考。
5楼2013-12-03 16:08:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 283分材料与化工求调剂 +23 罗KAKA 2026-04-02 23/1150 2026-04-03 15:21 by 晴空210210
[考研] 334求调剂 +9 Trying] 2026-03-31 9/450 2026-04-03 15:18 by 琢珥丶
[考研] 一志愿北京科技大学材料工程085601,求调剂 +13 cdyw 2026-04-02 13/650 2026-04-03 14:51 by ls刘帅
[考研] 求调剂 +3 usbdndj 2026-04-03 3/150 2026-04-03 14:10 by dxiaoxin
[考研] 315分 085602 求调剂 +15 26考研上岸版26 2026-04-02 15/750 2026-04-03 12:45 by xingguangj
[考研] 085600材料与化工调剂 +22 kikiki7 2026-03-30 22/1100 2026-04-03 09:38 by hypershenger
[考研] 求调剂 +5 朔朔话 2026-04-02 6/300 2026-04-02 22:02 by barlinike
[考研] 材料340分调剂 +7 夏夜晚风_long 2026-04-02 9/450 2026-04-02 21:20 by dongzh2009
[考研] 26考研调剂 +4 Wnz.20030617 2026-04-01 5/250 2026-04-02 16:11 by 1939136013狗壮
[考研] 一志愿北交大材料工程总分358 +3 cs0106 2026-04-02 5/250 2026-04-02 11:37 by olim
[考研] 266分,一志愿电气工程,本科材料,求材料专业调剂 +10 哇呼哼呼哼 2026-04-01 11/550 2026-04-01 21:48 by chyhaha
[考研] 一志愿北交材料工程总分358 +5 cs0106 2026-04-01 7/350 2026-04-01 11:45 by wangjy2002
[考研] 考研生物与医药调剂 +7 铁憨憨123425 2026-03-31 7/350 2026-04-01 08:45 by JourneyLucky
[考研] 求调剂:085600材料与化工,考材科基,总分319 +17 678lucky 2026-03-31 21/1050 2026-04-01 01:40 by 1018329917
[考研] 070300化学专业279调剂 +10 哈哈哈^_^ 2026-03-31 10/500 2026-03-31 23:13 by liu823948201
[考研] 本2一志愿C9-333分,材料科学与工程,求调剂 +9 升升不降 2026-03-31 9/450 2026-03-31 18:01 by 无际的草原
[考研] 353求调剂 +3 江上枫_26 2026-03-28 3/150 2026-03-31 15:53 by jp9609
[考研] 293求调剂 +3 末未mm 2026-03-30 5/250 2026-03-30 17:23 by 王保杰33
[考研] 343求调剂 +6 爱羁绊 2026-03-29 6/300 2026-03-29 12:00 by 无际的草原
[考研] 295求调剂 +5 1428151015 2026-03-27 6/300 2026-03-28 04:04 by fmesaito
信息提示
请填处理意见