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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 在blast里,如何与最相近的cultured菌株16S rRNA基因信息比对
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kiruwa

专家顾问 (职业作家)

[求助] 在blast里,如何与最相近的cultured菌株16S rRNA基因信息比对

大家一定碰到过这种情况, 有时候想要和cultured 16S rRNA进行比对,可是系统给出的都是uncultured clones,请问如何在blast里设置,能与序列相似度较大的cultured 细菌基因进行比对. 谢谢.
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请注意,照片不是我本人!!!请不要把此人和我的长相联系到一起去.
1楼 2013-11-25 07:58:29
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kiruwa

专家顾问 (职业作家)
引用回帖:
5楼: Originally posted by pph0259 at 2013-12-03 16:08:13
从菌种鉴定的角度，必须是和模式菌株比较，blast里面那些乱七八糟的仅为参考。

请问相似度多少才算同specie,同genus,同family.
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请注意,照片不是我本人!!!请不要把此人和我的长相联系到一起去.
7楼2013-12-03 16:59:32
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zrg1989

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kiruwa: 金币+8 2013-11-30 09:37:06
在blast页面有个Exclude选项，可以勾掉Uncultured/environmental sample sequences
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2楼2013-11-25 10:30:22
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better2023

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhang8826857: 金币+1, 鼓励应助 2013-11-25 20:45:43
kiruwa: 金币+2 2013-11-30 09:37:10
http://rdp.cme.msu.edu/seqmatch/seqmatch_intro.jsp
http://www.arb-silva.de/
你说的这个问题我也遇到了，正在研究这两个网站，一个是数据库，一个是做进化树的
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3楼2013-11-25 20:02:37
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kiruwa

专家顾问 (职业作家)
引用回帖:
3楼: Originally posted by better2023 at 2013-11-25 20:02:37
http://rdp.cme.msu.edu/seqmatch/seqmatch_intro.jsp
http://www.arb-silva.de/
你说的这个问题我也遇到了，正在研究这两个网站，一个是数据库，一个是做进化树的

RDP里的classifier可信度有多高?
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请注意,照片不是我本人!!!请不要把此人和我的长相联系到一起去.
4楼2013-11-25 21:20:26
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