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danyzj01

银虫 (正式写手)

[求助] 用PCR扩增后的DNA如何测序?不能直接用PCR就知道是什么菌种之类的吧?

用PCR扩增后的DNA如何测序?不能直接用PCR就知道是什么菌种之类的吧?
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chaovt714

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
amisking: 金币+2, 鼓励帮助解答,欢迎继续交流。 2012-04-22 20:52:00
我们做菌种鉴定在16S rRNA基因同源性分析这一步中,先用通用引物扩增出16S rDNA,这一过程最好都在无菌条件下操作,之后将PCR产物进行纯化,附带上适量的你所用的引物,送英俊或生工进行测序,再将测得的序列在NCBI中进行Blast,即可知道你的菌种与哪类细菌亲源关系最近了~~~
4楼2012-04-22 20:32:04
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查看全部 7 个回答

cheng_xiao

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
西瓜: 金币+3, Good! 2012-04-22 19:17:22
呵呵,如果你只是鉴定菌种的话,可以把PCR产物直接送去测序公司测序,像华大、英骏等,如果你是对基因后续还操作,那你可以把基因克隆到载体上,转入菌种,把菌种送去测序。测序得到的结果到NCBI中比对,看你的菌与谁最相近,这样就可以大体判定了,实验顺利啊
我努力我奋斗我成功
2楼2012-04-22 16:12:37
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lxj341401

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
西瓜: 金币+4, 应助指数+1, 专家考核, 专家就是专家! 2012-04-22 19:17:44
用PCR扩增后的DNA一是可以直接送测序公司测序,但如果PCR不纯就测不出来,二是先连接到T载体上,转化验证后送菌测序。
虽然发展了不少DNA指纹技术,并且很多都和PCR有关,但通过一个PCR直接判定是什么菌现在还基本做不到。
3楼2012-04-22 16:43:51
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danyzj01

银虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by chaovt714 at 2012-04-22 20:32:04:
我们做菌种鉴定在16S rRNA基因同源性分析这一步中,先用通用引物扩增出16S rDNA,这一过程最好都在无菌条件下操作,之后将PCR产物进行纯化,附带上适量的你所用的引物,送英俊或生工进行测序,再将测得的序列在NC ...

生工他们是用什么来测序的呢?
5楼2012-04-22 22:07:48
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