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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » pcr测序结果分析
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yuren2009

木虫 (正式写手)

[求助] pcr测序结果分析 已有3人参与

问个低级问题：PCR产物双向测序怎么理解？我要鉴定的是真菌，测序结果是每个样品四个文件，两个seq文件，两个ab1文件，序列拼接到底是指各次反应后的片段连接还是找到重叠区？新手刚接触分子生物这块儿。
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学习使你立于不败之地
1楼 2013-08-29 23:38:35
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

Sthunder

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰，手有余香。分子生物期待你更多精彩 2013-08-30 09:24:23
yuren2009: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2013-08-30 09:37:30
由于片段过长，一个反应无法测通，所以用双向，它是同时从3 和5'端测序，当然结果你会有两个序列，然后将两个方向测序结果比对，通过重叠区，将其拼接成一个完整序列。seq文件是序列，ab1文件是测序峰图，不同颜色代表不同碱基，根据峰的情况可以看出测序效果。Good luck！
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互助互励，共奋共进！！
2楼2013-08-30 01:26:36
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小鞋匠126_

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖应助！ 2013-08-30 11:34:31
先找重复片段，然后从重复片段开始进行拼接
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4楼2013-08-30 09:56:43
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wsh01300

铜虫 (小有名气)
★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2013-08-30 11:34:38
要测通了才能进行拼接，如果PCR产物片段太长无法测通的话双向测序获得的片段间没有重叠片段，将无法进行拼接。
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5楼2013-08-30 10:00:46
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bugakbug

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
引用回帖:
6楼: Originally posted by yuren2009 at 2013-08-30 10:32:11
700左右...

与一般有效的sequence长度(600~1000bp)差不多，
剩下的就要看交叉重复的区段够不够多啰
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7楼2013-08-30 10:44:00
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roomofxw

木虫 (正式写手)
★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖应助！ 2013-08-30 18:04:08
有专门的软件可以拼接
另外我都是让测序公司拼个序列结果给我的
再另外基因不长一个反应就测完的就不需要拼接了
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8楼2013-08-30 16:22:21
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普通回帖

yuren2009

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by Sthunder at 2013-08-30 01:26:36
由于片段过长，一个反应无法测通，所以用双向，它是同时从3 和5'端测序，当然结果你会有两个序列，然后将两个方向测序结果比对，通过重叠区，将其拼接成一个完整序列。seq文件是序列，ab1文件是测序峰图，不同颜色代 ...

用DNASTAR拼接时候不用考虑方向？
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学习使你立于不败之地
3楼2013-08-30 09:39:03
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yuren2009

木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by wsh01300 at 2013-08-30 10:00:46
要测通了才能进行拼接，如果PCR产物片段太长无法测通的话双向测序获得的片段间没有重叠片段，将无法进行拼接。

700左右
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学习使你立于不败之地
6楼2013-08-30 10:32:11
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putine

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
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yuren2009: 金币+2, ★★★很有帮助 2013-08-30 21:35:50
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2013-08-30 21:39:36
700的话通常一个反应就够了，如果你的测序结果足够好的话。另外测序公司可以帮你拼接的。如果自己拼接的话，需要借助一些软件
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9楼2013-08-30 20:48:22
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yuren2009

木虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by putine at 2013-08-30 20:48:22
700的话通常一个反应就够了，如果你的测序结果足够好的话。另外测序公司可以帮你拼接的。如果自己拼接的话，需要借助一些软件

做的双向，自己用软件也拼接出来了。就是不清楚公司发的序列是不是反转后的。
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学习使你立于不败之地
10楼2013-08-30 21:37:24
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