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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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yuren2009

木虫 (正式写手)

[求助] pcr测序结果分析 已有3人参与

问个低级问题:PCR产物双向测序怎么理解?我要鉴定的是真菌,测序结果是每个样品四个文件,两个seq文件,两个ab1文件,序列拼接到底是指各次反应后的片段连接还是找到重叠区?新手刚接触分子生物这块儿。
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Sthunder

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰,手有余香。分子生物期待你更多精彩 2013-08-30 09:24:23
yuren2009: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2013-08-30 09:37:30
由于片段过长,一个反应无法测通,所以用双向,它是同时从3 和5'端测序,当然结果你会有两个序列,然后将两个方向测序结果比对,通过重叠区,将其拼接成一个完整序列。seq文件是序列,ab1文件是测序峰图,不同颜色代表不同碱基,根据峰的情况可以看出测序效果。Good luck!
互助互励,共奋共进!!
2楼2013-08-30 01:26:36
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小鞋匠126_

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖应助! 2013-08-30 11:34:31
先找重复片段,然后从重复片段开始进行拼接
4楼2013-08-30 09:56:43
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wsh01300

铜虫 (小有名气)

★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2013-08-30 11:34:38
要测通了才能进行拼接,如果PCR产物片段太长无法测通的话双向测序获得的片段间没有重叠片段,将无法进行拼接。
5楼2013-08-30 10:00:46
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bugakbug

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
引用回帖:
6楼: Originally posted by yuren2009 at 2013-08-30 10:32:11
700左右...

与一般有效的sequence长度(600~1000bp)差不多,
剩下的就要看交叉重复的区段够不够多啰
7楼2013-08-30 10:44:00
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roomofxw

木虫 (正式写手)

★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖应助! 2013-08-30 18:04:08
有专门的软件可以拼接
另外我都是让测序公司拼个序列结果给我的
再另外基因不长一个反应就测完的就不需要拼接了
8楼2013-08-30 16:22:21
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普通回帖

yuren2009

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by Sthunder at 2013-08-30 01:26:36
由于片段过长,一个反应无法测通,所以用双向,它是同时从3 和5'端测序,当然结果你会有两个序列,然后将两个方向测序结果比对,通过重叠区,将其拼接成一个完整序列。seq文件是序列,ab1文件是测序峰图,不同颜色代 ...

用DNASTAR拼接时候不用考虑方向?
学习使你立于不败之地
3楼2013-08-30 09:39:03
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yuren2009

木虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by wsh01300 at 2013-08-30 10:00:46
要测通了才能进行拼接,如果PCR产物片段太长无法测通的话双向测序获得的片段间没有重叠片段,将无法进行拼接。

700左右
学习使你立于不败之地
6楼2013-08-30 10:32:11
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putine

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
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yuren2009: 金币+2, ★★★很有帮助 2013-08-30 21:35:50
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2013-08-30 21:39:36
700的话通常一个反应就够了,如果你的测序结果足够好的话。另外测序公司可以帮你拼接的。如果自己拼接的话,需要借助一些软件
9楼2013-08-30 20:48:22
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yuren2009

木虫 (正式写手)

引用回帖:
9楼: Originally posted by putine at 2013-08-30 20:48:22
700的话通常一个反应就够了,如果你的测序结果足够好的话。另外测序公司可以帮你拼接的。如果自己拼接的话,需要借助一些软件

做的双向,自己用软件也拼接出来了。就是不清楚公司发的序列是不是反转后的。
学习使你立于不败之地
10楼2013-08-30 21:37:24
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