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0551HE

新虫 (初入文坛)

[求助] 克隆提取质粒测序结果怎么跟大肠杆菌菌液测序结果序列比对差异很大啊？

我用18-T载体克隆提取质粒后测序,测序结果怎么跟大肠杆菌菌液直接测序结果序列比对差异很大啊？并且blast寻找同源性结果也不一样
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1楼 2012-10-09 19:16:01
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shasha85

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
菌液有没有污染的情况或者提的质粒纯度咋样啊？有可能是测序公司有问题也说不定，我也出现过这样的情况...
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2楼2012-10-10 10:26:55
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drxiao2005

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

如果本身没有搞混的话，一定是测序公司搞混了。有些测序公司会找一些小公司帮着测。
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3楼2012-11-18 08:59:00
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czdaeq

铜虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-11-19 13:43:40
测序公司近两年来貌似水平下降很多，不过一般遇到的问题主要是测不出来，有重叠峰之类的，只要是成功测出的准确性倒还可以。
这里，不知道你为啥会既送质粒又送菌体，不过你可以用chromas这个软件（上海生工官网上就可以下）看下测序结果的峰形，好好检查一下是不是测序问题；如果确实如你所述，那么可能就是混菌了，你需要分离纯化你的菌株，再提质粒，酶切验证之后，送测序看下。
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4楼2012-11-18 15:16:04
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zhenshuishu

新虫 (初入文坛)
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5楼2012-12-09 20:28:04
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