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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 质粒测序结果分析
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380218013

金虫 (小有名气)

[求助] 质粒测序结果分析

小弟构建质粒测序结果序列比对如图，发现中间多出一段序列！请教可能原因，以及解决方案！谢谢！
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1楼 2011-10-27 15:19:20
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zhfge

铜虫 (初入文坛)
稍微描述一下你的实验过程？
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2楼2011-10-29 16:21:47
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xiaohaozi9876

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
西瓜(金币+2): good 2011-11-01 17:58:55
很有可能是database上的数据有误

一般出现这种情况的话，比较一下其他的sample，若一致，则没有问题，大可放心接下去做实验
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3楼2011-10-31 16:02:18
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380218013

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by xiaohaozi9876 at 2011-10-31 16:02:18:
很有可能是database上的数据有误

一般出现这种情况的话，比较一下其他的sample，若一致，则没有问题，大可放心接下去做实验

我做的是表达质粒 多一个碱基都不可以的   我在NCBI上也BLAST过的。可能原因是T载体上有一段有相应的酶切位点 多切了50个碱基左右的序列
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4楼2011-11-01 15:38:10
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380218013

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zhfge at 2011-10-29 16:21:47:
稍微描述一下你的实验过程？

前面一段是我构建在目的载体里的质粒。后面一段是我构建好的T载体质粒。现在我用酶切后面一段当目的 与前面一段目的载体的质粒相互连接1
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5楼2011-11-01 15:40:25
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xiaohaozi9876

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
wanhscn(金币+2): Good！鼓励应助！ 2011-11-02 14:22:14
引用回帖:
3楼: Originally posted by xiaohaozi9876 at 2011-10-31 16:02:18:
很有可能是database上的数据有误

一般出现这种情况的话，比较一下其他的sample，若一致，则没有问题，大可放心接下去做实验

database少了一个intron是很正常的事   如果其他的sampe在进行序列对比时也出现相同的位置上少一段 那就证明database上的数据有误啊  想不明白嘛？
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6楼2011-11-01 18:53:06
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zgb1982

木虫 (正式写手)
觉得不像是INTRON
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7楼2011-11-01 20:22:01
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dog_608582

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
wanhscn(金币+2): 鼓励交流！ 2011-11-02 14:22:50
你是不是要用CDNA去做表达，多出来得可能是你的样品本身mRNA没有完成去除内含子的过程，因此你和基因比对的时候多出一段序列。如果是这样，你需要重新在该基因表达的时候提取RNA，然后扩增。另外一种可能就是本身基因多出了序列，你只要把基因翻译成蛋白，如果翻译不出问题，得到类似的结果域，那么可能就是NCBI上得序列有问题。不要太迷信NCBI上得数据，有些也有错误。
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8楼2011-11-02 09:51:04
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youngker918

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

正如你所讲，多切了一段下来，重做吧！
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天才就怕不够天才，坏又不够坏，天天都想离开，却不知何处才能换骨脱胎
9楼2011-11-02 13:33:10
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zhouleiwang

禁虫 (初入文坛)
本帖内容被屏蔽
10楼2013-12-09 22:40:34
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