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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 质粒基因分析
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jsxzzxj

铜虫 (初入文坛)

[求助] 质粒基因分析已有3人参与

现有质粒全测序，结果已经出来了，我应该用什么软件区分析它？genbank 里面的blast只能找出序列相近或一样的，我应该用什么软件对里面的各种元件进行分析？
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1楼2014-03-30 21:18:07
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2014-08-01 16:43:22
还是找到质粒的图谱吧。。。
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2楼2014-03-30 23:06:17
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biostar2009

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
有些公司提供质粒常见元件的序列表
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3楼2014-03-31 09:31:48
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研究室新生

铜虫 (小有名气)
请问你质粒全序列测定用的是什么方法啊？周期要多长呢？
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人生是一棵不停生长的树。
4楼2014-08-01 12:29:32
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鬼羽帝魂

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2014-08-01 16:43:27
试下Vector NTI，可以分析酶切位点等。
对里面的各种元件进行分析的话，你得有载体图谱才好分析。
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5楼2014-08-01 15:22:02
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jsxzzxj

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by liuderong at 2014-03-30 23:06:17
还是找到质粒的图谱吧。。。

我刚刚拿到结果，已经进行了GOG、GO、Pathway 注释，不晓得下一步该如何继续分析，比如我想找出backbone mosaion区域，如何判断该质粒的类型等一系列继续分析的问题，感谢指导
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6楼2014-08-12 11:33:14
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jsxzzxj

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by biostar2009 at 2014-03-31 09:31:48
有些公司提供质粒常见元件的序列表

我刚刚拿到结果，已经进行了GOG、GO、Pathway 注释，不晓得下一步该如何继续分析，比如我想找出backbone mosaion区域，如何判断该质粒的类型等一系列继续分析的问题，如何找到转座子或整合子之类的，感谢指导
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7楼2014-08-12 11:34:07
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jsxzzxj

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 鬼羽帝魂 at 2014-08-01 15:22:02
试下Vector NTI，可以分析酶切位点等。
对里面的各种元件进行分析的话，你得有载体图谱才好分析。

我这个是全质粒高通量测序，我刚刚拿到结果，已经进行了GOG、GO、Pathway 注释，不晓得下一步该如何继续分析，比如我想找出backbone mosaion区域，如何判断该质粒的类型等一系列继续分析的问题，感谢指导
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8楼2014-08-12 11:35:10
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jsxzzxj

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 研究室新生 at 2014-08-01 12:29:32
请问你质粒全序列测定用的是什么方法啊？周期要多长呢？

用的上海生工的高通量测序，因为是野生质粒，45kb左右，时间一个半月。
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9楼2014-08-12 11:37:44
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