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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 把质粒转化到JM109测序结果不会分析，要看一下目的基因有没有His6尾巴
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张小蛋

新虫 (小有名气)

[求助] 把质粒转化到JM109测序结果不会分析，要看一下目的基因有没有His6尾巴 已有2人参与

测序结果拿回来了，完全不知道该怎么分析~~有没有大神可以指导一下呢~~一份是测序的图谱，一份是该质粒载体PJ401的序列，导师说要注意基因界限的问题，分析了半天就只会用DNAMAN简单看看基本组成什么的，深了实在不懂，现在当务之急是看一下，我的序列有没有His6尾巴~~因为我现在做提纯纯化不出来~~希望大神帮帮我~~我做的是木聚糖酶的相关课题~~
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    • 2016-01-17 12:05:21, 276.85 K

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1楼 2016-01-17 12:06:17
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张小蛋

新虫 (小有名气)
顶顶顶~~~
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2楼2016-01-17 12:10:23
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原海亮

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
西门吹雪170: 金币+3, 鼓励回帖交流 2016-01-18 22:58:59
你目的基因的序列没有么？拿来和测序结果比对一下，确认目的基因的正确性，从ATG到TGA（也可能其他终止密码子），然后根据你设计的酶切位点来看HIS标签的位置，然后在你目的基因的位置往前或后面看看是否有标签。因为标签是载体自身带的，如果你酶切位点没有问题，测序结果也显示有目的基因插入，那么标签一般不是丢失的。

发自小木虫Android客户端
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天空才是极限，我有信心飞的更高！
3楼2016-01-17 16:07:15
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张小蛋

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 原海亮 at 2016-01-17 16:07:15
你目的基因的序列没有么？拿来和测序结果比对一下，确认目的基因的正确性，从ATG到TGA（也可能其他终止密码子），然后根据你设计的酶切位点来看HIS标签的位置，然后在你目的基因的位置往前或后面看看是否有标签。因 ...

附件里就是我目的基因的序列吧~实在是不是很懂~我没有做酶切，这个就是老板从国外要来的质粒，我拿去就测了，然后根据质粒的序列做的引物测的~
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4楼2016-01-17 17:19:23
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ps499250429

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
引用回帖:
4楼: Originally posted by 张小蛋 at 2016-01-17 17:19:23
附件里就是我目的基因的序列吧~实在是不是很懂~我没有做酶切，这个就是老板从国外要来的质粒，我拿去就测了，然后根据质粒的序列做的引物测的~...

这肯定不行吗！去网上数据库把目的基因搞清楚。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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5楼2016-01-18 08:26:44
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hnnh123

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+3, 鼓励回帖交流 2016-01-18 22:59:28
测序结果分析主要就是先确定测序结果的可靠性，如果需要拼接，比对时发现突变点就去看峰值图，如果峰值很好认为测序可靠，发生突变，如果峰值很杂，就不用担心，从新选定位置重新测序。然后就要看融合情况，即使发生点突变也不要直接放弃，因为密码子的简并性，有可能你的蛋白并没有变化。查找你的融合位置的第一个起始密码子，删掉前面的序列，直接进行翻译，看是否有提前终止情况。如果没有提前终止，就可以将之与已知蛋白序列比对，看看是否有突变。
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6楼2016-01-18 16:15:33
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hnnh123

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
张小蛋: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2016-01-18 20:50:05
MTIQPGTGYNNGYFYSYWNDGHGGVTYTNGPGGQFSVNWSNSGNFVGGKGWQPGTKNKVINFSGSYNPNGNSYLSVYGWSRNPLIEYYIVENFGTYNPSTGATKLGEVTSDGSVYDIYRTQRVNQPSIIGTATFYQYWSVRRNHRSSGSVNTANHFNAWAQQGLTLGTMDYQIVAVEGYFSSGSASITVS.LEPQGRHPLISPGERPSLSTEPFVLFDAWQFPTLAWGVPTLPSALRRFTSEFGMGSGGTTALLPPGKQRVL.AIFRYKWARDNVQNWLIGCNTDPYLLIF.IHSNMYPLMRHNPDKCFIILKRRI.
这是将你的序列从RBS后面第一个起始密码子开始翻译的氨基酸序列，在第190个氨基酸后出现终止密码子  你看看是不是你的全场融合蛋白
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7楼2016-01-18 16:37:17
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张小蛋

新虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by hnnh123 at 2016-01-18 16:37:17
MTIQPGTGYNNGYFYSYWNDGHGGVTYTNGPGGQFSVNWSNSGNFVGGKGWQPGTKNKVINFSGSYNPNGNSYLSVYGWSRNPLIEYYIVENFGTYNPSTGATKLGEVTSDGSVYDIYRTQRVNQPSIIGTATFYQYWSVRRNHRSSGSVNTANHFNAWAQQGLTLGTMDYQIVAVEGYFSSGSASITVS.LEPQGRHP ...

谢谢谢谢
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8楼2016-01-18 20:49:35
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