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张小蛋

新虫 (小有名气)

[求助] 把质粒转化到JM109测序结果不会分析,要看一下目的基因有没有His6尾巴 已有2人参与

测序结果拿回来了,完全不知道该怎么分析~~有没有大神可以指导一下呢~~一份是测序的图谱,一份是该质粒载体PJ401的序列,导师说要注意基因界限的问题,分析了半天就只会用DNAMAN简单看看基本组成什么的,深了实在不懂,现在当务之急是看一下,我的序列有没有His6尾巴~~因为我现在做提纯纯化不出来~~希望大神帮帮我~~我做的是木聚糖酶的相关课题~~
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  • 2016-01-17 12:05:21, 276.85 K

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张小蛋

新虫 (小有名气)

2楼2016-01-17 12:10:23
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原海亮

木虫 (著名写手)

★ ★ ★
西门吹雪170: 金币+3, 鼓励回帖交流 2016-01-18 22:58:59
你目的基因的序列没有么?拿来和测序结果比对一下,确认目的基因的正确性,从ATG到TGA(也可能其他终止密码子),然后根据你设计的酶切位点来看HIS标签的位置,然后在你目的基因的位置往前或后面看看是否有标签。因为标签是载体自身带的,如果你酶切位点没有问题,测序结果也显示有目的基因插入,那么标签一般不是丢失的。

发自小木虫Android客户端
天空才是极限,我有信心飞的更高!
3楼2016-01-17 16:07:15
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张小蛋

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 原海亮 at 2016-01-17 16:07:15
你目的基因的序列没有么?拿来和测序结果比对一下,确认目的基因的正确性,从ATG到TGA(也可能其他终止密码子),然后根据你设计的酶切位点来看HIS标签的位置,然后在你目的基因的位置往前或后面看看是否有标签。因 ...

附件里就是我目的基因的序列吧~实在是不是很懂~我没有做酶切,这个就是老板从国外要来的质粒,我拿去就测了,然后根据质粒的序列做的引物测的~
4楼2016-01-17 17:19:23
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ps499250429

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
引用回帖:
4楼: Originally posted by 张小蛋 at 2016-01-17 17:19:23
附件里就是我目的基因的序列吧~实在是不是很懂~我没有做酶切,这个就是老板从国外要来的质粒,我拿去就测了,然后根据质粒的序列做的引物测的~...

这肯定不行吗!去网上数据库把目的基因搞清楚。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
5楼2016-01-18 08:26:44
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hnnh123

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+3, 鼓励回帖交流 2016-01-18 22:59:28
测序结果分析主要就是先确定测序结果的可靠性,如果需要拼接,比对时发现突变点就去看峰值图,如果峰值很好认为测序可靠,发生突变,如果峰值很杂,就不用担心,从新选定位置重新测序。然后就要看融合情况,即使发生点突变也不要直接放弃,因为密码子的简并性,有可能你的蛋白并没有变化。查找你的融合位置的第一个起始密码子,删掉前面的序列,直接进行翻译,看是否有提前终止情况。如果没有提前终止,就可以将之与已知蛋白序列比对,看看是否有突变。
6楼2016-01-18 16:15:33
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hnnh123

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
张小蛋: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2016-01-18 20:50:05
MTIQPGTGYNNGYFYSYWNDGHGGVTYTNGPGGQFSVNWSNSGNFVGGKGWQPGTKNKVINFSGSYNPNGNSYLSVYGWSRNPLIEYYIVENFGTYNPSTGATKLGEVTSDGSVYDIYRTQRVNQPSIIGTATFYQYWSVRRNHRSSGSVNTANHFNAWAQQGLTLGTMDYQIVAVEGYFSSGSASITVS.LEPQGRHPLISPGERPSLSTEPFVLFDAWQFPTLAWGVPTLPSALRRFTSEFGMGSGGTTALLPPGKQRVL.AIFRYKWARDNVQNWLIGCNTDPYLLIF.IHSNMYPLMRHNPDKCFIILKRRI.
这是将你的序列从RBS后面第一个起始密码子开始翻译的氨基酸序列,在第190个氨基酸后出现终止密码子  你看看是不是你的全场融合蛋白
7楼2016-01-18 16:37:17
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张小蛋

新虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by hnnh123 at 2016-01-18 16:37:17
MTIQPGTGYNNGYFYSYWNDGHGGVTYTNGPGGQFSVNWSNSGNFVGGKGWQPGTKNKVINFSGSYNPNGNSYLSVYGWSRNPLIEYYIVENFGTYNPSTGATKLGEVTSDGSVYDIYRTQRVNQPSIIGTATFYQYWSVRRNHRSSGSVNTANHFNAWAQQGLTLGTMDYQIVAVEGYFSSGSASITVS.LEPQGRHP ...

谢谢谢谢
8楼2016-01-18 20:49:35
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