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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 全质粒测序分析
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jsxzzxj

铜虫 (初入文坛)

[求助] 全质粒测序分析 已有1人参与

现有高通量全质粒测序分析结果，我刚刚拿到结果，已经进行了GOG、GO、Pathway 注释，不晓得下一步该如何继续分析，比如我想找出backbone mosaion区域，如何判断该质粒的类型，如何找出可变区的左右界限，如何找出转座元件上下游起始位点等一系列问题，感谢指导
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1楼 2014-08-12 11:44:55
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fengkuangdoc

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

对于质粒的分析，首先应该确定质粒的ori区，然后是复制相关的基因！Ori区的确定可以用DoriC来完成，复制相关基因需要根据做的质粒来具体分析！质粒的类型，不同来源菌的判定依据有差异，需要综合考虑，可以先查查文献，然后确定哪些序列是质粒类型的关键序列，然后可以据此构建一个序列文本，进行处理。
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2楼2014-08-28 12:26:00
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jsxzzxj

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by fengkuangdoc at 2014-08-28 12:26:00
对于质粒的分析，首先应该确定质粒的ori区，然后是复制相关的基因！Ori区的确定可以用DoriC来完成，复制相关基因需要根据做的质粒来具体分析！质粒的类型，不同来源菌的判定依据有差异，需要综合考虑，可以先查查文 ...

质粒分析如何找出里面的转化子整合子序列，如何找出他们的起始和终止序列，大神指导下
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3楼2014-08-29 20:15:44
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