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jsxzzxj

铜虫 (初入文坛)

[求助] 全质粒测序分析 已有1人参与

现有高通量全质粒测序分析结果,我刚刚拿到结果,已经进行了GOG、GO、Pathway 注释,不晓得下一步该如何继续分析,比如我想找出backbone mosaion区域,如何判断该质粒的类型,如何找出可变区的左右界限,如何找出转座元件上下游起始位点等一系列问题,感谢指导
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fengkuangdoc

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

对于质粒的分析,首先应该确定质粒的ori区,然后是复制相关的基因!Ori区的确定可以用DoriC来完成,复制相关基因需要根据做的质粒来具体分析!质粒的类型,不同来源菌的判定依据有差异,需要综合考虑,可以先查查文献,然后确定哪些序列是质粒类型的关键序列,然后可以据此构建一个序列文本,进行处理。
2楼2014-08-28 12:26:00
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jsxzzxj

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by fengkuangdoc at 2014-08-28 12:26:00
对于质粒的分析,首先应该确定质粒的ori区,然后是复制相关的基因!Ori区的确定可以用DoriC来完成,复制相关基因需要根据做的质粒来具体分析!质粒的类型,不同来源菌的判定依据有差异,需要综合考虑,可以先查查文 ...

质粒分析如何找出里面的转化子整合子序列,如何找出他们的起始和终止序列,大神指导下
3楼2014-08-29 20:15:44
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