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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 如何对质粒进行鉴别
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xiaoyang123

金虫 (小有名气)

[求助] 如何对质粒进行鉴别

从菌中提取了质粒，想知道它是哪种质粒，该如何进行鉴别呢？
有哪些特异性的位点，标志基因，可以作为某类质粒的标志么，通常质粒是如何进行标识的？

如果将质粒测序，该如何查找现有的质粒信息进行比对，以确定该质粒为何种质粒？（质粒信息通常应当从文献中查找，或者是有现成的数据库呢？）

另外，如何确定质粒的大小？由于质粒有线性，超螺旋和开环三种状态，且一般的电泳分辨率不够高，用什么方法才能够有效地确定质粒的大小呢？

以上问题，还请高人指教。
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1楼 2012-03-01 15:02:55
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blackrose8089

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
质粒不大的话，测序可以知道很多信息!
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jiayoubashaonian
2楼2012-03-01 16:28:36
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lxj341401

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
xiaoyang123(金币+2): ★有帮助 2012-03-02 09:48:30
测序知道的信息更多。
单酶切电泳能判断质粒的大小（不是很精确）。
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3楼2012-03-01 18:03:44
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srlee

铁杆木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
amisking(金币+3): 鼓励积极应助！ 2012-03-01 18:10:25
xiaoyang123(金币+5): ★★★很有帮助 2012-03-02 09:48:16
1）第一个问题没太看明白，你问的是这个菌中本身就存在的内源性质粒，还是人工构建的质粒在菌中而你现在分不清是什么质粒了？
2）载体质粒通常都是根据需要由一些功能序列元件构成的，不同的质粒有不同的功能，如质粒中不同抗性就是其中一种。
3）跑电泳基本上能确定一个质粒的大小范围，如果更加有效地确定的质粒大小送去测个序就好了，现在测序技术这么高也要不了多少钱！
4）如果质粒有序列了，那后面具体操作和实验分析就很好办了！
祝实验顺利！
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4楼2012-03-01 18:04:01
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xiaoyang123

金虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by srlee at 2012-03-01 18:04:01:
1）第一个问题没太看明白，你问的是这个菌中本身就存在的内源性质粒，还是人工构建的质粒在菌中而你现在分不清是什么质粒了？
2）载体质粒通常都是根据需要由一些功能序列元件构成的，不同的质粒有不同的功能，如 ...

感谢你的回答

关于第一个问题，这个质粒是菌中本身就存在的内源性质粒。

有考虑进行测序，但目前的问题是，即使测通了全质粒，不知道该如何同现有的数据库信息进行比对，也就是说无法确定它是某种已知质粒，或者未知质粒，从而，要进行进一步的分析就比较具有盲目性了，而且可能会做许多重复性工作，这是我苦恼的问题所在。
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5楼2012-03-02 09:48:03
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KANG1JING

新虫 (初入文坛)
我跟楼主有一样的困扰
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6楼2013-04-26 10:47:40
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cathyqiqi

新虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by xiaoyang123 at 2012-03-02 09:48:03
感谢你的回答

关于第一个问题，这个质粒是菌中本身就存在的内源性质粒。

有考虑进行测序，但目前的问题是，即使测通了全质粒，不知道该如何同现有的数据库信息进行比对，也就是说无法确定它是某种已知质粒， ...

我现在也面临这样的问题，我们的质粒也进行了测序，但是不知道下一步该怎么办，请问楼主解决了么？
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7楼2014-05-29 17:39:22
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zans2009

铜虫 (初入文坛)
楼主完成实验了吧，请问未知质粒是怎么测序的？不需要设计引物吗？如果需要引物，楼主是怎么设计的？
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8楼2014-08-30 10:48:48
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