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henghengyouyou

银虫 (正式写手)

[求助] 质粒测序无信号,为啥? 已有3人参与

各位,最近我做了PCR产物纯化,加A,连接TA vector,挑单克隆,提取质粒准备送去测序。
单克隆菌液PCR都为阳性,抽提质粒后也表明重组质粒要比空载质粒大很多,应该是片段克隆进入载体了。
但是为啥我用引物测序无信号呢,包括通用引物和克隆引物?什么情况?
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wangdunzju

新虫 (小有名气)

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★ ★ ★ ★ ★
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137167741: 金币+2, 小木虫交流,共同进步~~ 2014-02-15 10:36:22
gyesang: 金币+3, 鼓励回帖交流! 2014-03-30 00:22:06
可以从两个方面分析;
第一种情况:PCR产物不纯,连入载体的不是目的序列,这需要你用通用引物和特异引物分别PCR检测可以判断是不是这种情况。检测最好用菌液PCR,不用菌斑PCR。

第二种情况:插入片段是你的目的片段,但后期出问题了,比如,摇菌的菌株有污染,(如培养基污染了别人的菌,也有抗性)。再或者摇菌的浓度太稀,也测不出来,这可能是测序那边的问题。还有你的载体是不是用对了,要是这个都搞错了,估计也会遇到类似问题出现。
祝好运!
2楼2014-02-13 10:32:28
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wangdunzju

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
henghengyouyou: 金币+1 2014-02-13 22:12:50
137167741: 金币+1, 鼓励交流~~ 2014-02-15 10:36:35
另外,载体的质量也很关键,TAKARA或者英骏的T载体都还好。
3楼2014-02-13 10:34:30
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lvbobo823

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
137167741: 金币+1, 小木虫交流,共同进步~~ 2014-02-15 10:36:44
测序无信号,你通用引物最起码会出现载体片段序列。可能你送的样品有问题。会不会送错了。你再重新提一次质粒测一下序。
hehe
4楼2014-02-13 10:44:32
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henghengyouyou

银虫 (正式写手)


137167741: 金币+1, 鼓励交流~~ 2014-02-15 10:36:58
引用回帖:
3楼: Originally posted by wangdunzju at 2014-02-13 10:34:30
另外,载体的质量也很关键,TAKARA或者英骏的T载体都还好。

说实话,载体是10年前的了,偶尔好用,偶尔不好用。郁闷!
5楼2014-02-13 22:13:31
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mao081312

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2014-03-30 00:22:21
空质粒和重组质粒都是多大呢?通用引物都没有测序信号,说明肯定不会是你有没有连上这个问题,而是你质粒的问题,你可以把你的空质粒送去测序,看质粒上是否有相应的序列
6楼2014-02-15 11:37:49
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