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洪闪

新虫 (初入文坛)

[求助] 测序结果回来,我不知道该怎么分析下引物测序结果 已有1人参与

小妹刚刚接触测序结果分析软件,如DNAMAN、primer 5.0、MEGA。初学者有点动不明白了。我将目的片段插入PUC18载体,转化后,挑取阳性克隆提取质粒,测序。测序结果发回来了,我不知道怎么分析了。测序用的引物是通用引物M13F和M13R双向测序。现在两个方向只测了一个反应。在M13F引物测序结果中我能够找到酶切位点(BamH Ⅰ,即在这个位置插入目的片段)附近的部分PUC18序列;但是,在M13R引物测序结果中我找不到酶切位点附近的puc18部分序列,为什么?找不到连接处,我怎么确定我的目的片段是那些碱基(我自己不知道目的片段序列碱基组成,因为目的片段是随机酶切得到的)。我在附件中添加上我的测序结果。希望明白人帮我指点一下。
万分感谢。
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fangkaiacer

金虫 (正式写手)

没接触过,但要顶一个。
你知道5月5日吗?
2楼2012-12-02 22:03:26
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576142326

木虫 (正式写手)


可能是M13R引物的结合位点距离你插入片段太近了,你可以重新设计个引物,反向测个序,然后与M13f的序列连接。
3楼2014-04-27 17:50:10
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Becky 101

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 576142326 at 2014-04-27 17:50:10
可能是M13R引物的结合位点距离你插入片段太近了,你可以重新设计个引物,反向测个序,然后与M13f的序列连接。

你好,怎么连接F 和R 的结果呢?把序列拼一起就可以啦?
4楼2017-04-25 10:46:10
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小冀-

版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

如果片段太长的话可以考虑测通,还有就是可能公司没有测完,只把第一个测序反应的结果发给你了,过段时间就会给你拼接结果的,有什么不明白的可以咨询测序公司
···
5楼2017-04-25 10:54:23
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