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feitianzhu11

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

自己拼接的话用什么软件比较好呢?
11楼2014-06-18 16:55:46
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yuren2009

木虫 (正式写手)

引用回帖:
11楼: Originally posted by feitianzhu11 at 2014-06-18 16:55:46
自己拼接的话用什么软件比较好呢?

DNAstar中的Seqman
学习使你立于不败之地
12楼2014-06-18 17:18:28
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丫头珠

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by Sthunder at 2013-08-30 01:26:36
由于片段过长,一个反应无法测通,所以用双向,它是同时从3 和5'端测序,当然结果你会有两个序列,然后将两个方向测序结果比对,通过重叠区,将其拼接成一个完整序列。seq文件是序列,ab1文件是测序峰图,不同颜色代 ...

你好,我想请问一下,两个方向的测序结果怎么拼接成一个完整的序列?
13楼2015-01-30 14:43:30
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Sthunder

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
13楼: Originally posted by 丫头珠 at 2015-01-30 14:43:30
你好,我想请问一下,两个方向的测序结果怎么拼接成一个完整的序列?...

很多软件都可以拼接哈,比如NAstar、Bioedit、contig、ChromasPro DNA、Sequencher、Vector NTI、Stand Package、ContigExpress等。你直接将两段序列加进去就好,软件会自己识别。如果你没有软件的话就用死办法好了。由于是双向,所以要将用反向引物测序所得序列进行反向互补,然后将两个序列放到word中,用word寻找功能查询反向序列的5‘端,理论上再正向测序结果中会找到对应的序列。然后手动拼接就好。
互助互励,共奋共进!!
14楼2015-01-31 01:48:36
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丫头珠

金虫 (小有名气)

引用回帖:
14楼: Originally posted by Sthunder at 2015-01-31 01:48:36
很多软件都可以拼接哈,比如NAstar、Bioedit、contig、ChromasPro DNA、Sequencher、Vector NTI、Stand Package、ContigExpress等。你直接将两段序列加进去就好,软件会自己识别。如果你没有软件的话就用死办法好了 ...

好的,多谢!
15楼2015-01-31 14:33:12
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xxdscdx

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

ab1文件是峰图,一般不用管。seq文件是从ab1文件导出的序列文件。
双向测序是指,一个正向(5到3)测序,另一个则是反向测序(测出来为正向模板序列的反补序列)。序列拼接是先要找到重叠区,然后再连接。
16楼2015-01-31 15:37:10
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