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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » pcr测序结果分析
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yuren2009

木虫 (正式写手)

[求助] pcr测序结果分析 已有3人参与

问个低级问题：PCR产物双向测序怎么理解？我要鉴定的是真菌，测序结果是每个样品四个文件，两个seq文件，两个ab1文件，序列拼接到底是指各次反应后的片段连接还是找到重叠区？新手刚接触分子生物这块儿。
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学习使你立于不败之地
1楼 2013-08-29 23:38:35
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Sthunder

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
13楼: Originally posted by 丫头珠 at 2015-01-30 14:43:30
你好，我想请问一下，两个方向的测序结果怎么拼接成一个完整的序列？...

很多软件都可以拼接哈，比如NAstar、Bioedit、contig、ChromasPro DNA、Sequencher、Vector NTI、Stand Package、ContigExpress等。你直接将两段序列加进去就好，软件会自己识别。如果你没有软件的话就用死办法好了。由于是双向，所以要将用反向引物测序所得序列进行反向互补，然后将两个序列放到word中，用word寻找功能查询反向序列的5‘端，理论上再正向测序结果中会找到对应的序列。然后手动拼接就好。
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互助互励，共奋共进！！
14楼2015-01-31 01:48:36
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Sthunder

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰，手有余香。分子生物期待你更多精彩 2013-08-30 09:24:23
yuren2009: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2013-08-30 09:37:30
由于片段过长，一个反应无法测通，所以用双向，它是同时从3 和5'端测序，当然结果你会有两个序列，然后将两个方向测序结果比对，通过重叠区，将其拼接成一个完整序列。seq文件是序列，ab1文件是测序峰图，不同颜色代表不同碱基，根据峰的情况可以看出测序效果。Good luck！
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互助互励，共奋共进！！
2楼2013-08-30 01:26:36
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yuren2009

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by Sthunder at 2013-08-30 01:26:36
由于片段过长，一个反应无法测通，所以用双向，它是同时从3 和5'端测序，当然结果你会有两个序列，然后将两个方向测序结果比对，通过重叠区，将其拼接成一个完整序列。seq文件是序列，ab1文件是测序峰图，不同颜色代 ...

用DNASTAR拼接时候不用考虑方向？
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学习使你立于不败之地
3楼2013-08-30 09:39:03
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小鞋匠126_

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖应助！ 2013-08-30 11:34:31
先找重复片段，然后从重复片段开始进行拼接
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4楼2013-08-30 09:56:43
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