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PCR后测序，blast最高匹配度只有32%
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PCR后电泳跑出了特异性的单带，PCR产物再次用原引物PCR，提高产物浓度，测序。 以下是测序公司返回的结果： 引物 现象判别 可能原因 建议方案 引物1： 测序无信号 重新提供样品 引物2： 测序结果出现套峰 样品存在片段大小相近的非特异性扩增，而琼脂糖回收无法分离这样的片段所致 优化反应条件重新提供样品测序 根据测序公司给出的测序结果，在NCBI上比对，只有后200bp左右有匹配（产物840bp），且匹配度只有76%左右。 疑问1：常见菌的基因全序列在Genebank上是否都有登录呢，如果是这样的话，扩增出得任意一段序列，在测序结果没有问题的情况下，是否都能够比对出结果呀？ 疑问2：测序无信号，通常是什么原因导致的呢？ 疑问3：电泳显示出特异性的单带，而且用的是HS Taq，高特异性聚合酶，测序结果为何出现严重套峰？是否应解释为有两条长度相同，引物相同的片段呢？这个可能几率有多大呢？ 新手上路，总是遇到各种各样诡异的结果，还望各位不吝赐教。  |
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