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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 存档旧帖 » 测序结果中出现一个Gap怎么办
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sengseng2011

新虫 (初入文坛)

[交流] 测序结果中出现一个Gap怎么办 已有3人参与

我构建了一个质粒，送菌液出去测序，结果出现了一个gap,其他序列比对都过了，这是测序的问题还是我质粒的问题？各位高手说说我该怎么办？这个Gap会影响表达吗？

360截图20121013103624281.jpg
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1楼 2012-10-13 10:38:19
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
分析一下gap位置测序的峰图，有可能是读序错误。如果真的有gap，表达的产物会发生移码，必须重新做克隆。
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2楼2012-10-13 15:32:25
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sengseng2011

新虫 (初入文坛)
好像读序没有错啊，郁闷了
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3楼2012-10-13 22:23:01
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sengseng2011

新虫 (初入文坛)
我在做pcr时用的是普通的Tag酶，目的基因870bp，是不是没用高保真酶的原因？但是我听人家说1000bp以内的Tag酶问题不大的啊，极度不甘心中，要么我再拿这个样品去别的公司测测。
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4楼2012-10-13 23:42:39
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chenzhu198

铁杆木虫 (著名写手)

版主
★
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引用回帖:
4楼: Originally posted by sengseng2011 at 2012-10-13 23:42:39
我在做pcr时用的是普通的Tag酶，目的基因870bp，是不是没用高保真酶的原因？但是我听人家说1000bp以内的Tag酶问题不大的啊，极度不甘心中，要么我再拿这个样品去别的公司测测。

这个最好是用高保真的酶.....
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红砖并进，理实交融！
5楼2012-10-14 22:40:47
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-10-15 13:45:01
引用回帖:
4楼: Originally posted by sengseng2011 at 2012-10-13 23:42:39
我在做pcr时用的是普通的Tag酶，目的基因870bp，是不是没用高保真酶的原因？但是我听人家说1000bp以内的Tag酶问题不大的啊，极度不甘心中，要么我再拿这个样品去别的公司测测。

当然用高保真的酶是最好，但老板为了省钱有时候就是不用也没办法的。普通taq理论上说1kb没问题，但是事实上要看运气。如果出错发生在早期循环中，产物中可能会有很多拷贝的错误片段，你克隆的产物当然也就有不对的。我建议你多筛几个克隆去测序。
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6楼2012-10-15 01:37:36
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骚人追月

金虫 (小有名气)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
小丹木木: 金币+1, 鼓励交流 2012-10-15 13:45:12
这种小片段的测序一般的酶完全没有问题， 你看过峰图之后感觉有什么异常吗，没有异常的话有没有重复再测，还有这个gap的话建议重新克隆。
做克隆不要等啊，结果出来立即应对，重复试验很快的
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会做饭就会做实验？
7楼2012-10-15 10:00:25
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