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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】测序结果分析问题
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xiaoru2010

[交流] 【求助/交流】测序结果分析问题 已有8人参与

测出来的序列里没有我的引物，是不是肯定没连接上？
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1楼 2010-04-19 10:01:34
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xiaoguang711

木虫 (正式写手)
★ ★
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1949stone(金币+1): 2010-04-19 11:13
反向互补一下再找找
要么就是扩到其它基因上
或者是测序的克隆是假阳性的
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2楼2010-04-19 10:53:56
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邓远洪dyh

新虫 (小有名气)
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1949stone(金币+1): 2010-04-19 11:13
如果是自己做的测序，很有可能是测序的体系有问题，PCR产物处理不好
在外面测得话有可能是你自己的菌是假阳性
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3楼2010-04-19 11:08:31
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风中摇曳

木虫 (正式写手)

热爱科学
克隆后应该需要鉴定再测序。
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scienceisnature
4楼2010-04-19 11:10:52
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yujiaping1

木虫 (著名写手)
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scelab(金币+3):谢谢交流！ 2010-04-22 11:19
首先判断测序信号是否异常，比如出现连续重复序列、峰过低、重叠峰等，都属异常
然后做Blast比对，比对结果如果是整段序列都是载体序列，那说明测的是假阳性
如果以上两点都排除了，还是找不到引物序列，那么说明连接的片段不是目的片段，此处要注意，找引物，不是直接查找，而是需要比对，因为有可能会有一些碱基没有正常配对
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5楼2010-04-19 11:49:02
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gene001

金虫 (正式写手)

就是个普通教师
★
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要知道你的引物本身就很多种序列！也许你没把所有兼并可能性都检查？？？？
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大家共同交流、共同提高！！！
6楼2010-04-19 16:38:34
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xiaoru2010

我做了BLAST，是空载，谢谢！
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7楼2010-04-22 08:54:46
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gaiyf

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
我们实验室的测序结果也有同样的现象，我们一般都是让测序公司再测一遍。一般不会是样品的问题，应当是测序的问题。
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多看文献，多学知识
8楼2010-04-22 16:41:55
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diaoyuhua
9楼2010-04-22 19:25:34
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yujiaping1

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by xiaoru2010 at 2010-04-22 08:54:46:
我做了BLAST，是空载，谢谢！

空载就是肯定没连上，你检测是阳性之后再测序啊，用酶切检测相对可靠，PCR也凑合，但是不检测就送去，这不是白浪费钱嘛
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10楼2010-04-22 22:21:16
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