应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】求助测序结果分析
51/1返回列表
查看: 851  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

ap

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】求助测序结果分析 已有2人参与

从基因组中巢氏PCR得到一个基因，连接到载体上，在不同平板上挑了两个转化子测序。发现和我预期的序列只有85%左右的同源性，而两个转化子之间的同源性约是99%。
当时PCR基因的时候就很困难，杂带很多，主带不是目的带。
现在我自己分析，觉得可能因为我的菌种不对。因为如果是PCR或酶切连接中带进去的突变，不可能两个转化子同源性那么高。
还可能有其他原因吗？
谢谢！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2010-12-15 11:47:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

scelab

荣誉版主 (文坛精英)

小木虫之有关部门负责人
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
dhd997(金币+1):good 2010-12-15 15:37:38
引用回帖:
Originally posted by ap at 2010-12-15 12:32:16:


我测序的序列，翻译成aa有好多终止子。
这个基因的功能还不清楚，是假设蛋白，和另一个氧化还原酶的基因有一定相似度。

既然测序过了，就直接分析那里面的可能的基因不就更直接？！
功能基因一般都在1k左右，有很多终止子的可能是片段太短，或者错配导致测序错误。

BTW，unknown function才好，你要是发现新的基因新的功能就发了
赞一下(2人) 回复此楼
小木虫之有关部门负责人
5楼2010-12-15 12:37:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

scelab

荣誉版主 (文坛精英)

小木虫之有关部门负责人
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
1949stone(金币+3):鼓励 2010-12-15 12:06:45
你扩的菌是基因组已测完的么？
如果是自己分的野生菌，扩出来70~100%同源都有可能，翻译成aa再比对试试。
或者再依据现在测的序列再设计引物扩一下原始菌株，再测序，基本上测出来是什么就是什么了。
赞一下(2人) 回复此楼
小木虫之有关部门负责人
2楼2010-12-15 11:59:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ap

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by scelab at 2010-12-15 11:59:23:
你扩的菌是基因组已测完的么？
如果是自己分的野生菌，扩出来70~100%同源都有可能，翻译成aa再比对试试。
或者再依据现在测的序列再设计引物扩一下原始菌株，再测序，基本上测出来是什么就是什么了。

谢谢指点！
我的菌是是测过序的菌，不过是老板要来的，不知道来源有没有问题。
赞一下 回复此楼
3楼2010-12-15 12:06:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ap

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by scelab at 2010-12-15 11:59:23:
你扩的菌是基因组已测完的么？
如果是自己分的野生菌，扩出来70~100%同源都有可能，翻译成aa再比对试试。
或者再依据现在测的序列再设计引物扩一下原始菌株，再测序，基本上测出来是什么就是什么了。

我测序的序列，翻译成aa有好多终止子。
这个基因的功能还不清楚，是假设蛋白，和另一个氧化还原酶的基因有一定相似度。
赞一下 回复此楼
4楼2010-12-15 12:32:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 科研孤儿太难了 +21 我4大白菜 2026-08-20 22/1100 2026-08-26 11:29 by nlgza
[基金申请] 怎么查啊 +4 huang1991js 2026-08-26 4/200 2026-08-26 11:26 by panjy.cn
[基金申请] 国合里面能看到了 +7 一怀馨秋 2026-08-26 7/350 2026-08-26 11:23 by zhaosm1982
[基金申请] 国际合作可查了，中了面上 +18 Ldrop2023 2026-08-26 18/900 2026-08-26 11:15 by cmrandy
[基金申请] 能否退出参与的面上项目解除限项 +22 koalala 2026-08-24 25/1250 2026-08-26 11:14 by dxcharlary
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +4 叶九微 2026-08-26 4/200 2026-08-26 10:52 by xiacongxu
[基金申请] 今天务委会开完了，明天出结果吗 +19 angus9576 2026-08-25 23/1150 2026-08-26 10:03 by zp519
[基金申请] 出来了 +8 trojank 2026-08-26 8/400 2026-08-26 09:00 by gxc
[基金申请] 牛来！米来！面来！ +8 beefly 2026-08-26 8/400 2026-08-26 08:37 by xuzhipiao
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +8 炎黄贵胄 2026-08-22 9/450 2026-08-26 07:47 by WASM
[基金申请] 放榜前的不淡定 20+4 snowwithsea 2026-08-19 19/950 2026-08-25 17:57 by chick875
[基金申请] 某些机构，以效率低为荣，以效率低作为存在感 +9 yuleib84 2026-08-25 10/500 2026-08-25 17:14 by alexon
[基金申请] 人气不行了 +11 fansofjerry 2026-08-21 11/550 2026-08-25 11:04 by 孤独的英雄6
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +25 yaoyewhu2008 2026-08-20 27/1350 2026-08-25 08:01 by Equinoxhua
[基金申请] 让我中一个面上吧！ +13 大萍1987 2026-08-20 16/800 2026-08-24 10:23 by 太傻了
[教师之家] 跳槽后在研项目怎么办？ +5 简单化xn 2026-08-22 10/500 2026-08-23 12:38 by 简单化xn
[基金申请] 时间戳今天，20号变了 +5 archvillain 2026-08-20 5/250 2026-08-22 06:12 by hui_daxiao
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧？ +4 哈哈蛤？ 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9 yuleib84 2026-08-19 11/550 2026-08-21 10:06 by gltch
[基金申请] 基金啊基金 +4 longfie172 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:58 by mark mao
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭