应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】求助测序结果分析
71/1返回列表
查看: 703  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

ap

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】求助测序结果分析 已有2人参与

从基因组中巢氏PCR得到一个基因，连接到载体上，在不同平板上挑了两个转化子测序。发现和我预期的序列只有85%左右的同源性，而两个转化子之间的同源性约是99%。
当时PCR基因的时候就很困难，杂带很多，主带不是目的带。
现在我自己分析，觉得可能因为我的菌种不对。因为如果是PCR或酶切连接中带进去的突变，不可能两个转化子同源性那么高。
还可能有其他原因吗？
谢谢！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2010-12-15 11:47:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

scelab

荣誉版主 (文坛精英)

小木虫之有关部门负责人
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
1949stone(金币+3):鼓励 2010-12-15 12:06:45
你扩的菌是基因组已测完的么？
如果是自己分的野生菌，扩出来70~100%同源都有可能，翻译成aa再比对试试。
或者再依据现在测的序列再设计引物扩一下原始菌株，再测序，基本上测出来是什么就是什么了。
赞一下(2人) 回复此楼
小木虫之有关部门负责人
2楼2010-12-15 11:59:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ap

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by scelab at 2010-12-15 11:59:23:
你扩的菌是基因组已测完的么？
如果是自己分的野生菌，扩出来70~100%同源都有可能，翻译成aa再比对试试。
或者再依据现在测的序列再设计引物扩一下原始菌株，再测序，基本上测出来是什么就是什么了。

谢谢指点！
我的菌是是测过序的菌，不过是老板要来的，不知道来源有没有问题。
赞一下 回复此楼
3楼2010-12-15 12:06:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ap

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by scelab at 2010-12-15 11:59:23:
你扩的菌是基因组已测完的么？
如果是自己分的野生菌，扩出来70~100%同源都有可能，翻译成aa再比对试试。
或者再依据现在测的序列再设计引物扩一下原始菌株，再测序，基本上测出来是什么就是什么了。

我测序的序列，翻译成aa有好多终止子。
这个基因的功能还不清楚，是假设蛋白，和另一个氧化还原酶的基因有一定相似度。
赞一下 回复此楼
4楼2010-12-15 12:32:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

scelab

荣誉版主 (文坛精英)

小木虫之有关部门负责人
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
dhd997(金币+1):good 2010-12-15 15:37:38
引用回帖:
Originally posted by ap at 2010-12-15 12:32:16:


我测序的序列，翻译成aa有好多终止子。
这个基因的功能还不清楚，是假设蛋白，和另一个氧化还原酶的基因有一定相似度。

既然测序过了，就直接分析那里面的可能的基因不就更直接？！
功能基因一般都在1k左右，有很多终止子的可能是片段太短，或者错配导致测序错误。

BTW，unknown function才好，你要是发现新的基因新的功能就发了
赞一下(2人) 回复此楼
小木虫之有关部门负责人
5楼2010-12-15 12:37:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ap

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by scelab at 2010-12-15 12:37:07:

既然测序过了，就直接分析那里面的可能的基因不就更直接？！
功能基因一般都在1k左右，有很多终止子的可能是片段太短，或者错配导致测序错误。

BTW，unknown function才好，你要是发现新的基因新的 ...

谢谢啊！
测序的是黑曲霉菌种A，它的基因B现在还没有人做，我们觉得它可能和高产柠檬酸有关，于是想做这个基因的过表达。
老板问别人要了黑曲霉菌种A，我拿它提基因组，PCR出来的基因测序后，和NCBI公布的序列不一样，只有85%的同源性。
多谢回答啊！！
赞一下 回复此楼
6楼2010-12-15 12:43:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

scelab

荣誉版主 (文坛精英)

小木虫之有关部门负责人
引用回帖:
Originally posted by ap at 2010-12-15 12:43:51:



谢谢啊！
**** ...

别透露太多信息啊，等你发了文章再公布吧

idea，secret     你懂的

[ Last edited by scelab on 2010-12-15 at 12:47 ]
赞一下 回复此楼
小木虫之有关部门负责人
7楼2010-12-15 12:46:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 ap 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 290求调剂 +23 luoziheng 2026-04-10 25/1250 2026-04-16 17:25 by 冰雪遇见猪
[考研] 290调剂生物0860 +38 哇哈哈，。 2026-04-11 44/2200 2026-04-16 09:52 by cuisz
[考研] 求调剂 +11 小聂爱学习 2026-04-11 15/750 2026-04-15 21:57 by noqvsozv
[考研] 化工学硕294分，求导师收留 +32 yzyzx 2026-04-12 36/1800 2026-04-14 17:45 by lhj2009
[考研] 366求调剂 +11 不知名的小卅 2026-04-11 11/550 2026-04-14 15:50 by zs92450
[考研] 271求调剂 +35 2261744733 2026-04-11 41/2050 2026-04-14 15:36 by zs92450
[考研] 085408光电信息工程专硕355一志愿长春光机所调剂 +6 王ymaa 2026-04-13 13/650 2026-04-14 11:33 by 王ymaa
[考研] 材料085601调剂 +32 何润采123 2026-04-10 34/1700 2026-04-14 08:47 by 木木mumu～
[考研] 考研英一数一338分 +9 长江大学东校区 2026-04-13 10/500 2026-04-14 00:41 by 王珺璞
[考研] 332求调剂 +15 蕉蕉123 2026-04-10 15/750 2026-04-13 23:12 by pies112
[考研] 293求调剂 +16 我爱高数高数爱� 2026-04-12 18/900 2026-04-13 21:47 by 学员JpLReM
[考研] 339求调剂 +4 hanwudada 2026-04-12 4/200 2026-04-13 12:03 by 蓝云思雨
[考研] 一志愿厦大0856，306求调剂 +15 Bblinging 2026-04-11 15/750 2026-04-11 22:53 by 314126402
[考研] 求调剂，一志愿大连理工大学354分 +5 雨声余生 2026-04-11 6/300 2026-04-11 16:12 by 雨声余生
[考研] 广东省 085601 329分求调剂 +14 Eddieddd 2026-04-10 14/700 2026-04-11 09:58 by bljnqdcc
[考研] 22408 327分求调剂 +4 韵风kon 2026-04-10 4/200 2026-04-11 09:51 by 猪会飞
[考研] 368求调剂 +3 17385968172 2026-04-10 3/150 2026-04-10 20:12 by 电子奥德彪
[考研] 265求调剂 +12 风说她早忘了 2026-04-10 13/650 2026-04-10 18:56 by chemisry
[考研] 一志愿京区985，085401电子信息，本科电子信息 +3 阳光开朗的男孩 2026-04-10 3/150 2026-04-10 16:29 by sophia_93
[考研] 282，电气工程专业，求调剂，不挑专业 +9 jggshjkkm 2026-04-10 9/450 2026-04-10 14:55 by 逆水乘风
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭