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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 【求助/交流】DNA测序问题
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liulanhua

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】DNA测序问题

重组的质粒进行双酶切，发现有个酶切位点切不开。我想确认一下重组质粒是否发生突变，是不是需要进行DNA测序？是整个质粒都测还是可以测某一个片段啊？
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1楼 2011-04-04 15:28:27
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blackrose8089

铁杆木虫 (职业作家)
这个得看一下酶切位点的位置吧！
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2楼2011-04-04 18:34:00
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liulanhua

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by blackrose8089 at 2011-04-04 18:34:00:
这个得看一下酶切位点的位置吧！

没明白什么意思?质粒里应该有BamHI酶切位点，但用这个酶怎么都切不开。就想测下序，看是否发生突变而导致这个位点没了。
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3楼2011-04-05 11:16:35
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郝钊

金虫 (小有名气)
liulanhua(金币+1): 2011-04-05 11:27:02
在目的基因两边设计引物，PCR产物拿去测序，看酶切位点处是否突变掉了就可以。
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4楼2011-04-05 11:20:09
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liulanhua

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 郝钊 at 2011-04-05 11:20:09:
在目的基因两边设计引物，PCR产物拿去测序，看酶切位点处是否突变掉了就可以。

必须还的设计引物啊？我不是学生物的，这对我来说好难啊！直接拿质粒去测序的话行吗？是不是很贵？
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5楼2011-04-05 11:28:27
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郝钊

金虫 (小有名气)
★ ★
liulanhua(金币+1): 2011-04-05 15:10:23
rainwander(金币+2): 鼓励交流~~~ 2011-04-05 19:17:10
那就让公司给你设计引物吧，你只要把质粒和部分序列给他们就可以了。不用整个质粒都测序，只把你要的那一部分测一下就可以了。一个反应二三十块钱，不贵，可以测七八百个碱基。
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6楼2011-04-05 12:46:59
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liulanhua

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 郝钊 at 2011-04-05 12:46:59:
那就让公司给你设计引物吧，你只要把质粒和部分序列给他们就可以了。不用整个质粒都测序，只把你要的那一部分测一下就可以了。一个反应二三十块钱，不贵，可以测七八百个碱基。

谢啦！
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7楼2011-04-05 15:10:12
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wolfebst

至尊木虫 (职业作家)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
rainwander(金币+1): 鼓励交流~~~ 2011-04-05 19:17:22
是否甲基化了，才切不开的？还是你试验的时候酶切条件和时间没掌握好？
根据质粒序列设计引物测序就好吧，不用全测
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8楼2011-04-05 18:02:01
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liulanhua

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by wolfebst at 2011-04-05 18:02:01:
是否甲基化了，才切不开的？还是你试验的时候酶切条件和时间没掌握好？
根据质粒序列设计引物测序就好吧，不用全测

试了好几个条件 也重复了 都不行 准备测序看看
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9楼2011-04-05 19:38:25
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wuwu3660

铁虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
你看一下质粒图谱是不是有通用的测序引物，或者你告诉测序的公司你质粒的名称，他们知道是不是有通用测序引物，如果有直接送去就可以了
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10楼2011-04-06 17:15:25
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liulanhua

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by wuwu3660 at 2011-04-06 17:15:25:
你看一下质粒图谱是不是有通用的测序引物，或者你告诉测序的公司你质粒的名称，他们知道是不是有通用测序引物，如果有直接送去就可以了

恩 已经跟测序公司联系了，谢谢指点
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11楼2011-04-07 08:12:06
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wazlf

银虫 (正式写手)
★ ★
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rainwander(金币+1): 鼓励交流~ 2011-04-18 13:26:50
查一下你的质粒是哪个型号的，就可以查大你的质粒的基因序列，然后再根据目的基因购买酶，测序不一定能解决根本问题！
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12楼2011-04-13 10:56:41
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liulanhua

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by wazlf at 2011-04-13 10:56:41:
查一下你的质粒是哪个型号的，就可以查大你的质粒的基因序列，然后再根据目的基因购买酶，测序不一定能解决根本问题！

没明白什么意思？我的质粒的基因序列是知道的，目的基因也知道，都是从基因库里查到的。
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13楼2011-04-18 10:59:50
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liulanhua

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 郝钊 at 2011-04-05 12:46:59:
那就让公司给你设计引物吧，你只要把质粒和部分序列给他们就可以了。不用整个质粒都测序，只把你要的那一部分测一下就可以了。一个反应二三十块钱，不贵，可以测七八百个碱基。

今天拿到测序结果了，不知道怎么分析，看大家说的什么在NCBI上进行比对，我的只是想看序基因序列有没有突变，该怎么看啊？请高手指点一下。多谢！
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14楼2011-04-18 11:01:49
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冼亮淀粉酶

专家顾问 (知名作家)
★
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把你的序列打开，搜索酶的位点，如果还在，那就没有突变，如果不在，那就默哀呗，记得双链都要搜索，才好确认。
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15楼2011-04-18 16:11:24
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suenmomo

金虫 (小有名气)
质粒上的酶切位点基本不会发生突变的啊！
应该是甲基化或者其他问题
测序你直接把质粒给公司就可以了
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16楼2011-04-19 11:29:53
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