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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 存档旧帖 » 关于DNA测序末端终止法的一点问题？
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shangjie111

木虫 (正式写手)

灯泡

[求助] 关于DNA测序末端终止法的一点问题？

末端终止法，既然是用4种荧光标记的ddNTP去终结DNA的延长，那么，我想能不能把dNTP标记上4种颜色的荧光，在DNA延长的时候加入，最后观察荧光，记录不同的颜色信息，然后我们就知道未知DNA的序列。这样岂不简单一点，不知道为什么不行？希望虫友能够回答我的问题。

[ 来自科研家族 快乐家族 ]
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少壮不努力，老大读生技
1楼2011-12-13 21:20:01
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回帖置顶 ( 共有1个 )

gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
shangjie111(金币+2): 解释的很详细，非常感谢 2011-12-14 10:12:48
西瓜(金币+5, MolEPI+1): Good！ 2011-12-14 11:06:34
首先，一代测序（Sanger法）现在是仅仅在起终止作用的ddNTP上标记荧光信号，原因是：以ABI的3730为代表的测序仪是以毛细管电泳为技术手段的，同一个模板DNA上机前，进行了PCR，形成了各种长度的片段，最后电泳的时候可以被机器区分判读，最后产出序列信息；
而你说的原理其实就是二代测序的思路，不使用末端终止和电泳了，边合成边测序，每一个碱基加入的时候都有荧光产生，然后机器判断荧光，然后进行下一轮（其实也不尽然，不一定把荧光染料加到dNTP上，可以仅仅利用合成时的能量释放来激发另外的荧光物质(454)，还比如SOLiD--还是ABI，其实是利用的连接反应），想法很好，原理也不难，但是实现起来难度很大，所以直到现在，测序读长还是不能和一代测序相比，错误率也不低；
正在开发中的三代测序就进一步了，（二代抛弃了电泳@_@），抛弃荧光和光学检测系统……这个就不赘言了
anyway，能多想想挺不错的，鼓励一下；以后要不但会想，而且会查阅资料哈
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9楼2011-12-14 09:47:06
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普通回帖

shaquila

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
目前测序好像是这种方法？
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2楼2011-12-13 21:36:22
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shangjie111

木虫 (正式写手)

灯泡
引用回帖:
楼: Originally posted by shaquila at 2011-12-13 21:36:22:
目前测序好像是这种方法？

现在的短的序列测序是用末端终止法，但是用的是荧光标记的ddNTP,我现在比较疑惑的是为什么不能荧光标记的dNTP呢。ddNTP与dNTP相差一个氧
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少壮不努力，老大读生技
3楼2011-12-13 21:55:46
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panda73

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
建议你再好好读一读末端终止法测序的原理和实际操作。
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4楼2011-12-13 22:25:33
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Coolfire507

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你说的是DNA测序啊，DNA中怎么会有dNTP呢？肯定是脱氧的啊
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5楼2011-12-13 22:36:41
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shangjie111

木虫 (正式写手)

灯泡
引用回帖:
楼: Originally posted by Coolfire507 at 2011-12-13 22:36:41:
你说的是DNA测序啊，DNA中怎么会有dNTP呢？肯定是脱氧的啊

dNTP已经是脱氧的了，ddNTP是双脱氧
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少壮不努力，老大读生技
6楼2011-12-13 23:03:25
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shangjie111

木虫 (正式写手)

灯泡
引用回帖:
楼: Originally posted by panda73 at 2011-12-13 22:25:33:
建议你再好好读一读末端终止法测序的原理和实际操作。

末端测序我懂的，就是不知道我的想法为什么不对呢，难道dNTP不能标记荧光？
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少壮不努力，老大读生技
7楼2011-12-13 23:04:30
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susizheng

木虫 (著名写手)

我們是糖 甜到憂傷

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
西瓜(金币+3): Good! 2011-12-14 11:05:15
引用回帖:
7楼: Originally posted by shangjie111 at 2011-12-13 23:04:30:
末端测序我懂的，就是不知道我的想法为什么不对呢，难道dNTP不能标记荧光？

感觉你还是没大弄懂末端测序啊。

dNTP也能标记荧光，但是标记了有什么用？
只有ddNTP才能使扩增终止，只有标记终止处得ddNTP才能读出该碱基的位置嘛，你说将扩增产物中间的dNTP标记了，通过荧光能读出啥数据？
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Thank-you，so-blue.
8楼2011-12-14 09:05:34
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涛涛不绝1988

新虫 (初入文坛)
线粒体DNA也可以用这种方法吗？他不是环状的吗?跟核DNA的有什么区别？
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Just do
10楼2012-03-25 17:36:42
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