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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】求助测序结果分析
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ap

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】求助测序结果分析 已有2人参与

从基因组中巢氏PCR得到一个基因，连接到载体上，在不同平板上挑了两个转化子测序。发现和我预期的序列只有85%左右的同源性，而两个转化子之间的同源性约是99%。
当时PCR基因的时候就很困难，杂带很多，主带不是目的带。
现在我自己分析，觉得可能因为我的菌种不对。因为如果是PCR或酶切连接中带进去的突变，不可能两个转化子同源性那么高。
还可能有其他原因吗？
谢谢！
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1楼 2010-12-15 11:47:08
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ap

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by scelab at 2010-12-15 11:59:23:
你扩的菌是基因组已测完的么？
如果是自己分的野生菌，扩出来70~100%同源都有可能，翻译成aa再比对试试。
或者再依据现在测的序列再设计引物扩一下原始菌株，再测序，基本上测出来是什么就是什么了。

谢谢指点！
我的菌是是测过序的菌，不过是老板要来的，不知道来源有没有问题。
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3楼2010-12-15 12:06:34
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ap

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by scelab at 2010-12-15 11:59:23:
你扩的菌是基因组已测完的么？
如果是自己分的野生菌，扩出来70~100%同源都有可能，翻译成aa再比对试试。
或者再依据现在测的序列再设计引物扩一下原始菌株，再测序，基本上测出来是什么就是什么了。

我测序的序列，翻译成aa有好多终止子。
这个基因的功能还不清楚，是假设蛋白，和另一个氧化还原酶的基因有一定相似度。
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4楼2010-12-15 12:32:16
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ap

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by scelab at 2010-12-15 12:37:07:

既然测序过了，就直接分析那里面的可能的基因不就更直接？！
功能基因一般都在1k左右，有很多终止子的可能是片段太短，或者错配导致测序错误。

BTW，unknown function才好，你要是发现新的基因新的 ...

谢谢啊！
测序的是黑曲霉菌种A，它的基因B现在还没有人做，我们觉得它可能和高产柠檬酸有关，于是想做这个基因的过表达。
老板问别人要了黑曲霉菌种A，我拿它提基因组，PCR出来的基因测序后，和NCBI公布的序列不一样，只有85%的同源性。
多谢回答啊！！
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6楼2010-12-15 12:43:51
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