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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】求助测序结果分析
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ap

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】求助测序结果分析 已有2人参与

从基因组中巢氏PCR得到一个基因，连接到载体上，在不同平板上挑了两个转化子测序。发现和我预期的序列只有85%左右的同源性，而两个转化子之间的同源性约是99%。
当时PCR基因的时候就很困难，杂带很多，主带不是目的带。
现在我自己分析，觉得可能因为我的菌种不对。因为如果是PCR或酶切连接中带进去的突变，不可能两个转化子同源性那么高。
还可能有其他原因吗？
谢谢！
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1楼 2010-12-15 11:47:08
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scelab

荣誉版主 (文坛精英)

小木虫之有关部门负责人
引用回帖:
Originally posted by ap at 2010-12-15 12:43:51:



谢谢啊！
**** ...

别透露太多信息啊，等你发了文章再公布吧

idea，secret     你懂的

[ Last edited by scelab on 2010-12-15 at 12:47 ]
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小木虫之有关部门负责人
7楼2010-12-15 12:46:56
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scelab

荣誉版主 (文坛精英)

小木虫之有关部门负责人
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
1949stone(金币+3):鼓励 2010-12-15 12:06:45
你扩的菌是基因组已测完的么？
如果是自己分的野生菌，扩出来70~100%同源都有可能，翻译成aa再比对试试。
或者再依据现在测的序列再设计引物扩一下原始菌株，再测序，基本上测出来是什么就是什么了。
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小木虫之有关部门负责人
2楼2010-12-15 11:59:23
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ap

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by scelab at 2010-12-15 11:59:23:
你扩的菌是基因组已测完的么？
如果是自己分的野生菌，扩出来70~100%同源都有可能，翻译成aa再比对试试。
或者再依据现在测的序列再设计引物扩一下原始菌株，再测序，基本上测出来是什么就是什么了。

谢谢指点！
我的菌是是测过序的菌，不过是老板要来的，不知道来源有没有问题。
赞一下 回复此楼
3楼2010-12-15 12:06:34
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ap

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by scelab at 2010-12-15 11:59:23:
你扩的菌是基因组已测完的么？
如果是自己分的野生菌，扩出来70~100%同源都有可能，翻译成aa再比对试试。
或者再依据现在测的序列再设计引物扩一下原始菌株，再测序，基本上测出来是什么就是什么了。

我测序的序列，翻译成aa有好多终止子。
这个基因的功能还不清楚，是假设蛋白，和另一个氧化还原酶的基因有一定相似度。
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4楼2010-12-15 12:32:16
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