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草山残梦

新虫 (小有名气)

[求助] DNA测序后为什么拼接

16S rDNA经测序后为什么要拼接，这里的“拼接”是什么意思啊？
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1楼 2012-07-25 23:24:13
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ZOEY21

金虫 (小有名气)
序列如果是双向测序的话 需要进行正反向拼接 可以用CExpress
因为测序结果首尾的几十个碱基是不准确的 拼接找到两条序列重合的部分 不确定的碱基根据峰图清晰的那个确定 好吧 我是这么做的
不只是16SrDNA
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2楼2012-07-26 08:55:27
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sd3824289

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
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小丹木木: 金币+1, 正解 2012-07-26 15:29:56
拼接就是在测序完成以后，序列是分段的，要将这些分段的序列重新组合成原来的序列！这个过程需要借助相应的软件来完成！而且有时候拼接是必不可少的环节！
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坚持，就像流星，即使知道最后的结果，也要勇敢的走到最后！
3楼2012-07-26 09:17:36
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wu_shiyong

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
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小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-07-26 15:30:16
一代测序一般只能测500bp左右，而且钱100和后100一般可信度不高的你看看测序的峰图就明白了，二代要多，现在大多数都是一代。16S片段太长都是用primer walking，一段一段的测，最后拼接在一起成完整的序列！
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低调稳重务实内敛---------------残
4楼2012-07-26 09:24:13
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gwbk

木虫 (正式写手)
直接告诉测序公司要求他们拼接就可以啦，至于为什么拼接，16srDNA约有1600bp，测序一个序列准确长度600-800bp，双向测2个或3个序列，所以需要把2个或3个片段拼接起来形成完整片段
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5楼2012-07-26 11:02:22
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gungunak47

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
拼接  顾名思义 就是把测序后的几条序列 拼接到一起 成为一条
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6楼2012-07-26 14:47:40
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84146922

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

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现在的测序好像只能做到一个反应测700bp,超过了就要一段一段测序，然后拼接在一起，而且，测序前后的十多个碱基一般很难准。
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7楼2012-07-26 23:16:08
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damaomao

禁虫 (正式写手)
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8楼2012-07-28 10:00:44
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tianchunying

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

测序都是分段的，每段大约800个碱基，而且前后段都是不太准确的，拼接到一起才是你要看的整个测序片段
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天行健，君子以自强不息；地势坤，君子以厚德载物。
9楼2013-03-01 10:05:02
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